[发明专利]与鸡体重性状相关的单倍型分子标记及应用

说明书

本发明公开了与鸡体重性状相关的单倍型分子标记及应用。所述单倍型分子标记由SNP1～SNP6共6个SNP位点组成，所述6个SNP位点位于鸡1号染色体末端169.195～169.209Mb范围内。本发明的单倍型分子标记用于区别高体重鸡个体和低体重鸡个体，当6个SNP按基因组顺序组成G、C、C、C、C、G纯合单倍型时，对应的鸡具有高体重性状。本发明检测单倍型分子标记的方法适用于中外鸡种鉴定，适用鸡种范围广。本方法能够早期、快速、低成本、有效地预测鸡体重性状，为鸡分子标记辅助选择育种提供了有效手段，在鸡种改良方面具有广阔的应用前景，并能够取得优异的经济价值。

技术领域

本发明涉及分子遗传学领域，具体地说，涉及与鸡体重性状相关的单倍型分子标记及应用。

背景技术

鸡是最重要的农业畜禽动物之一。目前家禽志记载我国已有107个地方鸡种,中国已经成为世界上家禽资源最丰富的国家,也为禽类的育种科研做出了巨大贡献。鸡肉和鸡蛋为人类提供了重要的动物蛋白来源,同时由于人们健康观念的改善,以猪牛羊为代表的红肉消费需求在最近几年趋于稳定,而以鸡肉为代表的白肉消费需求在稳步提升。在我国,鸡肉的消费水平是仅次于猪肉的第二大肉用动物,人均鸡蛋消费量也在逐年提升。因此,加快优质肉鸡、蛋鸡品种的遗传改良具有重大的经济效益。与引进的白羽肉鸡品种相比,尽管我国地方鸡种特色鲜明、肉质优良,并且同时具备对饲养环境要求低、抗病力强、成活率高等优点,但由于没有经过高强度的系统选育,存在生长缓慢、繁殖力差等缺陷,带来的生产效率低下严重制约了中国地方鸡种的规模化生产和产业化应用。因此兼顾多种品质,提高生产效率成为我国优质黄鸡育种产业的重要问题。

SNP作为遗传标记已经广泛地应用于基因定位、克隆、遗传育种以及遗传多样性等研究领域。然而，受到不同实验群体的遗传背景差异，奠基者效应，多基因互作效应，基因-环境互作效应，不完全选择/平衡选择效应，遗传标记数量的限制以及连锁不平衡等因素的干扰，导致目前肉鸡分子育种实践中仍然缺少功能明确、效应显著的分子标记。因此，挖掘在中外群体中通用的、效应巨大的、准确的分子标记是当前的研究重点。进一步，如果能够找到与鸡体重性状相关的SNP分子标记，并最终解析该位点的分子机制，将极大促进鸡的遗传改良，为家禽育种领域带来突破性进展。

发明内容

本发明的目的是提供与鸡体重性状相关的单倍型分子标记及应用。

本发明构思如下：利用前期构建的鸡深度杂交系，增加代次间的重组事件辅助精细定位与体重相关的候选基因组区间，采用简化基因组测序技术精确获取高密度分子标记。此外自主测序或数据库下载了百余只鸡全基因组重测序数据，为了穷尽基因组所有类型的突变，规避了标记密度和连锁不平衡对基因定位的影响，并对家系内的全基因组关联分析结果进行验证，获得中外鸡品种通用的与生长性状相关的遗传标记。

为了实现本发明目的，第一方面，本发明提供与鸡体重性状相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记选自以下①～⑥中的至少一个；所述SNP分子标记位于鸡1号染色体末端169.195～169.209Mb范围内；

SNP分子标记①，包含的SNP位点为SNP1，SNP1所在基因组位置为GGA1:169195899bp，该处碱基为T或G；

SNP分子标记②，包含的SNP位点为SNP2，SNP2所在基因组位置为GGA1:169199539bp，该处碱基为T或C；

SNP分子标记③，包含的SNP位点为SNP3，SNP3所在基因组位置为GGA1:169202882bp，该处碱基为T或C；

SNP分子标记④，包含的SNP位点为SNP4，SNP4所在基因组位置为GGA1:169203717bp，该处碱基为T或C；

SNP分子标记⑤，包含的SNP位点为SNP5，SNP5所在基因组位置为GGA1:169208105bp，该处碱基为A或C；