[发明专利]绵羊基因组26号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法

权利要求书

1.一种绵羊基因组26号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，其特征在于，包括步骤如下：

步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的26号染色体，进行case-control分析，确定分子标记位点及分子标记位点所在26号染色体的物理区域范围；

步骤2：通过连锁分析采取Dˊ值的计算，获得了与分子标记位点相关的SNPs位点；

步骤3：对分子标记位点所在26号染色体的物理区域范围内基因段分析，根据基因段确定控制脱毛症的连锁块，从而确定绵羊基因组26号染色体上绵羊脱毛症相关基因。

2.根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于，包括具体步骤如下：

步骤1：健康绵羊被毛完好，细度均匀，取健康绵羊的26号染色体作为control组；以脱毛症绵羊的26号染色体为case组；通过plink软件，调用plink–file X–assoc–out txt,进行case-control分析，发现OAR26_29848682.1差异极显著，该位点位于绵羊基因组3.1版本26号染色体的29387923-30287222物理区域内；

步骤2：用haploview软件，通过Display—show LD values进行Dˊ值计算，计算得到OAR26_29848682.1与s26069.1、OAR26_29759746.1、OAR26_30287222.1、OAR26_30036643.1、OAR26_30128507.1的Dˊ值均为1，OAR26_29848682.1与OAR26_29996287.1的Dˊ值为0.805；

步骤3：该分子标记位点及其连锁的SNPs所对应的基因包括GTF2E2、GSR、UBXN8、ANP32A、TEX15、PURG共计6个基因，对分子标记位点及其连锁的SNPs用haploview软件，通过Analysis–Define Blocks–Four Gamete rule进行连锁块计算分析，获得连锁块一个，为AGC连锁块，包含s26069.1、OAR26_29759746.1、OAR26_29848682.1三个位点。

3.根据权利要求2所述的分析方法，其特征在于，所述步骤1中26号染色体的获取方法如下：取健康绵羊和脱毛症绵羊的DNA染色体制备Illumina OvineSNP50 BeadChip基因芯片，利用基因芯片提取得到26号染色体。

4.根据权利要求3所述的分析方法，其特征在于，所述健康绵羊和脱毛症绵羊的DNA染色体的提取方法如下：

步骤1：用耳缺钳采集绵羊耳组织约2ug，放入装有75％酒精的1.5ml离心管中，并记录样品编号，运回实验室；

步骤2：耳组织样品用蒸馏水清洗干净后，用剪刀剪碎；向管内加入70μL 10％SDS，15μL蛋白分解酶K(20mg/ml)和3μL RNA酶溶液，弹起管底沉淀，并且摇均；置于55℃水浴锅恒温振荡过夜，以裂解白细胞，消化蛋白质和RNA；

步骤3：取出混合液将其冷却至室温，向管内加入600μL Tris-HCl饱和酚溶液，将两相上下轻柔颠倒混匀10min，于1000r/min离心10min；用剪刀将1ml枪头尖部剪为直径大小约0.3cm2圆形，将上层清液小心吸出600μL，移至另一个新的灭菌离心管中，加入1:1的酚/氯仿溶液600μL，轻柔摇均10min，于1000r/min离心10min；将上层液移至另一个新的灭菌管中，加入氯仿溶液600μL，轻轻的摇均10min，于1000r/min离心10min；用直径大小为0.3cm2的左右1ml枪头，移至另一个新的灭菌管中，加入冰无水乙醇1ml，轻柔摇均2min，可看到漂浮的絮状物即为DNA，于1000r/min离心10min；或者加入冰无水乙醇1ml，放置-20℃冰箱30min；

步骤4：将管内的上清混合液弃去，加入70％酒精200μL，弹起管底DNA沉淀，于10000r/min离心5min；管内的上清液弃去，放置于超净工作台自然风干。

步骤5：向步骤4的管内加入pH为7.0的TE缓冲液，将干燥的DNA弹起混匀，4℃保存直至DNA完全溶解，得到绵羊的DNA染色体。

5.根据权利要求1或4所述的分析方法，其特征在于，所述对健康绵羊与脱毛症绵羊的采样比为190：20，所述绵羊的采样总数共210只。