[发明专利]绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法在审
| 申请号： | 201811126221.8 | 申请日： | 2018-09-26 |
| 公开（公告）号： | CN109295235A | 公开（公告）日： | 2019-02-01 |
| 发明（设计）人： | 刘书东;陈根元;王帅 | 申请（专利权）人： | 塔里木大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888 |
| 代理公司： | 广州三环专利商标代理有限公司 44202 | 代理人： | 肖宇扬;付静 |
| 地址： | 843300 新疆维*** | 国省代码： | 新疆;65 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 绵羊 染色体 脱毛症 分子标记 相关基因 位点 基因组 物理区域 分析 健康绵羊 连锁分析 基因 段分析 连锁块 | ||
1.一种绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因的分析方法，其特征在于，包括步骤如下：
步骤1：取健康绵羊和脱毛症绵羊的2号染色体，进行case-control分析，确定分子标记位点及分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围；
步骤2：通过连锁分析采取Dˊ值的计算，获得了与分子标记位点相关的SNPs位点；
步骤3：对分子标记位点所在2号染色体的物理区域范围内基因段分析，根据基因段确定控制脱毛症的连锁块，从而确定绵羊基因组2号染色体上绵羊脱毛症相关基因。
2.根据权利要求1所述的分析方法，其特征在于，包括具体步骤如下：
步骤1：健康绵羊被毛完好，细度均匀，取健康绵羊的2号染色体作为control组；以脱毛症绵羊的2号染色体为case组；通过plink软件，调用plink–file X–assoc–out txt,进行case-control分析，发现OAR2_128282778.1差异极显著，该位点位于绵羊基因组3.1版本2号染色体的29387923-30287222物理区域内；
步骤2：用haploview软件，通过Display—show LD values进行Dˊ值计算，计算得到OAR2_128282778.1和OAR2_128324363.1、OAR2_128341984.1、OAR2_128382703.1、s43429.1、OAR2_128498105.1、OAR2_128553796.1、s04552.1、OAR2_128589677.1、OAR2_128652105.1、OAR2_128734630.1、OAR2_128764057.1、OAR2_128772350.1的Dˊ值均为1；该位点与OAR2_128772350.1的值为0.84；
步骤3：该分子标记位点及其连锁的SNPs所对应的基因包括COL3A1、GULP1、PPIH、CALCRL、ZSWIM2、FAM171B、ITGAV共计7个基因，对分子标记位点及其连锁的SNPs用haploview软件，通过Analysis–Define Blocks–Four Gamete rule进行连锁块计算分析，获得四个连锁块，分别为包含OAR2_128282778.1、OAR2_128324363.1的连锁块GG、包含OAR2_128341984.1、OAR2_128382703.1的连锁块GA、包含s04552.1、OAR2_128589677.1的连锁块GG和包含OAR2_128734630.1、OAR2_128764057.1、OAR2_128772350.1的连锁块GGA。
3.根据权利要求2所述的分析方法，其特征在于，所述步骤1中2号染色体的获取方法如下：取健康绵羊和脱毛症绵羊的DNA染色体制备Illumina OvineSNP50BeadChip基因芯片，利用基因芯片提取得到2号染色体。
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