[发明专利]检测HIV逆转录酶区主要耐药突变的DNA芯片及其制备和应用

权利要求书

1.一种检测HIV逆转录酶区主要耐药突变的DNA芯片，其特征在于包括16种HIV逆转录酶区主要耐药突变的40条寡核苷酸探针，寡核苷酸探针分布在载体上形成点阵；所述16种HIV逆转录酶区主要耐药突变分别为K70E、K103N、K65R、K70R、V108I、Y188C、Y181C、M184V、M184I、L210W、M230I、G190R、G190A、V179D、T215Y和T215F位点；所述寡核苷酸探针分别具有序列表SEQ.ID.No.42至SEQ.ID.No.121的碱基序列。

2.根据权利要求1所述的DNA芯片，其特征在于：所述载体为醛基化修饰的玻璃片、硅片、聚苯乙烯基片、尼龙基片。

3.权利要求1所述DNA芯片的制备方法，其特征在于包括以下步骤：

<1>设计HIV逆转录酶区耐药突变特异性引物

选择HIV逆转录酶区耐药突变位点作为检测基因，根据等位基因特异性检测原理设计，引物包括一条通用下游引物和多条特异性上游引物，其中耐药位点野生型特异性上游引物3’末端碱基与被检测位点的野生型位点序列完全互补，突变型特异性上游引物3’末端碱基与被检测位点的突变型位点序列完全互补；

<2>探针的设计

根据每种突变位点的引物序列，设计一组寡核苷酸探针，每条探针包括正义链和与之互补的反义链；探针正义链的3’端与特异性上游引物的5’端相连，形成探针-引物链；

<3>引物与探针配对、合成

合成5’端cy3、cy5或生物素修饰的通用下游引物，合成无特殊修饰的探针-引物链，合成5’端氨基修饰的探针反义链；

<4>制备寡核苷酸芯片

探针反义链用水溶解并稀释至10μM，每条探针取30μl加入到384孔板中，将384孔板加入点样仪，将探针反义链点制到空白的醛基化修饰玻璃片上，其中芯片阴性探针为20T序列，每条探针重复点样三个孔，室温放置12h，4℃保存。

4.权利要求1所述的DNA芯片在制备检测HIV逆转录酶区主要耐药突变的试剂盒中的应用。

5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于还包括检测16种HIV逆转录酶区主要耐药突变的1条通用引物和40条特异性引物，它们分别具有序列表SEQ.ID.No.1至SEQ.ID.No.41的碱基序列。

6.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于还包括PCR体系、杂交液、洗涤液和阴性质控品。