[发明专利]预测失重骨丢失骨钙素OC下降风险的方法与DNA甲基化标志物

权利要求书

1.预测失重骨丢失骨钙素OC下降风险的DNA甲基化标志物，包括下述一个或多个基因，其位点注释信息如下：

2.预测失重骨丢失骨钙素OC下降风险的方法，所述方法不以疾病的诊断和治疗为目的，其特征在于：包括下述步骤：确定受试者样品中骨钙素OC风险基因位点的DNA甲基化水平，并将该基因位点的甲基化水平与对照样品进行比较，从而预测受试者在失重条件骨钙素OC下降风险；

其中所述骨钙素OC风险基因选自权利要求1中的一个或多个基因；

所述对照样品选自失重条件下骨钙素OC下降幅度＜20％或未下降的样品；

作为优选，所述确定DNA甲基化水平的方法包括全基因组甲基化筛选分析、芯片平台的甲基化图谱分析、甲基化特异性PCR分析、飞行质谱检测(Sequenome)、亚硫酸盐处理后的基因组测序分析、联合亚硫酸氢盐限制性内切酶分析、甲基化特异性内切酶酶切和定量聚合酶链反应联合分析、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析或焦磷酸测序法检测分析方法。

3.权利要求1中所述基因的甲基化检测试剂在制备预测失重骨丢失骨钙素OC下降风险诊断产品中的应用，其特征在于：所述诊断产品包含检测权利要求1中一种或多种基因的甲基化检测试剂，所述试剂通过检测受试者样品中权利要求1中所述基因的甲基化水平，来判断受试者在失重条件下骨钙素OC是否具有下降风险；

作为优选，所述试剂是基于全基因组甲基化筛选分析、芯片平台的甲基化图谱分析、甲基化特异性PCR分析、飞行质谱检测(sequenome)、亚硫酸盐处理后的基因组测序分析、联合亚硫酸氢盐限制性内切酶分析、甲基化特异性内切酶酶切和定量聚合酶链反应联合分析、甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析或焦磷酸测序法检测分析所需的试剂。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于：所述基因的甲基化水平是在标记基因的开放阅读框架的上游区域，特别是启动子区域确定的；或在下述中的一种：

(a)由权利要求1中所示染色体位点所定义的核酸；

(b)包含核酸a的CpG位点；

(c)与上述核酸a相距距离不超过1000个核苷酸内的核酸(a)。

5.根据权利要求3或4所述的应用，其特征在于：所述试剂包括特异性扩增包含甲基化位点在内的权利要求1中所述基因的引物；

作为优选，所述诊断产品是试剂盒、芯片或测序平台。

6.一组核酸引物和/或杂交探针，其对权利要求1中所述一个或多个基因的潜在甲基化区域是特异性的；

作为优选，所述引物和/或杂交探针是特定于扩增标记基因开放阅读框架的甲基化上游区域，特别是启动子区域；或甲基化的下述中的一种：

(a)由权利要求1中所示染色体位点所定义的核酸；

(b)包含核酸a的CpG位点；

(c)与上述核酸a相距距离不超过1000个核苷酸内的核酸(a)。

7.一种试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括权利要求6所述的一组核酸引物或杂交探针，还包括甲基化特异性限制性酶和/或用于亚硫酸氢盐核苷酸脱胺的试剂。

8.一种预测失重骨丢失骨钙素OC下降风险的诊断产品，其特征在于：所述诊断产品包括能够检测权利要求1中所述基因甲基化水平的试剂；

作为优选，所述检测权利要求1中所述基因甲基化水平的试剂包括用于全基因组甲基化筛选分析的试剂、用于基于芯片的甲基化图谱分析的试剂、用于甲基化特异性PCR分析的试剂、用于飞行质谱检测(sequenome)的试剂、用于亚硫酸盐处理后的基因组测序分析的试剂、用于联合亚硫酸氢盐限制性内切酶分析的试剂、用于甲基化特异性内切酶酶切和定量聚合酶链反应联合分析的试剂、用于甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析的试剂或用于焦磷酸测序法检测分析的试剂。