[发明专利]水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用

说明书

本发明提供水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用，所述分子标记为含有如SEQ ID NO.1所示的第188位的多态性为T/C的核苷酸序列，和/或，为含有如SEQ ID NO.1所示的第4438～4445位的多态性为5’‑CGAAACAC‑3’/5’‑TGCAGGGG‑3’的核苷酸序列。针对所述分子标记设计特异性扩增引物，利用PCR扩增进行BPH6基因型的检测。本发明提供的BPH6的分子标记及其扩增引物可用于鉴定水稻BPH6的基因型，选育抗褐飞虱水稻资源，具有鉴定准确性高、操作简单、成本低廉等优点，能够缩短抗褐飞虱水稻的育种周期，降低育种成本。

技术领域

本发明涉及分子生物学及植物分子育种领域，具体地说，涉及水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用。

背景技术

褐飞虱(Nilaparvata lugens Stal,简称BPH)属于同翅目飞虱科昆虫,是水稻的主要害虫。褐飞虱通过针状口器吸食水稻维管束鞘汁液,造成稻株发黄、倒伏甚至枯死。褐飞虱在取食时传播水稻草状丛矮病和齿叶矮缩病,同时也促使水稻纹枯病、小球菌核病的传播。随着高产不抗虫水稻品种的推广,以及水稻种植方式和耕种制度的改变,褐飞虱发生频次增加,危害程度加大,已经成为我国和世界上水稻生产的首要虫害,对粮食生产安全造成严重威胁。实践表明,选育和推广具有抗虫能力的水稻品种是防治褐飞虱最为经济、有效的方法。

传统的水稻抗虫育种是通过抗虫性状鉴定对植株进行表型选择，费时费力且易受环境条件的影响及限制，鉴定结果容易造成误差，选择效率较低。分子标记辅助选择是一种利用与抗性基因紧密连锁或基因内部功能标记，在后代中结合基因型和表型选择对目标性状进行筛选的现代育种技术。该方法不仅可以极大地提高育种效率，缩短育种周期，还可节约大量人力、物力成本。褐飞虱抗性基因BPH6来源于水稻品种Swarnalata，对褐飞虱的多种生物型具有较好的抗性，其基因序列目前已申请专利(CN106148353A)。目前现有技术中针对褐飞虱抗性基因BPH6的分子标记均为连锁标记，开发BPH6基因内特异性标记对于该基因及抗虫性状的准确鉴定以及进一步改良水稻抗褐飞虱抗性具有重要意义。

发明内容

为解决现有技术中存在的问题，本发明的目的是提供一种水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用。

水稻抗褐飞虱基因BPH6位于水稻4号染色体长臂，其部分核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示。通过对大量已知的分别包含BPH6抗虫等位基因与感虫等位基因的水稻品种的BPH6编码区进行扩增、测序与序列比对分析，发明人发现BPH6基因内如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的188bp处存在一个SNP位点(对应水稻日本晴染色体位置为21397054)，其中BPH6抗褐飞虱的等位为T，对应褐飞虱易感的等位为C。此外，还发现在BPH6基因内如SEQ IDNO.1所示的核苷酸序列的4438bp～4445bp存在一段特异性序列(对应水稻日本晴染色体位置为21400441～21400448)，其中BPH6抗褐飞虱的等位核苷酸序列为5’-CGAAACAC-3’，对应褐飞虱易感的等位核苷酸序列为5’-TGCAGGGG-3’。

本发明针对这两处BPH6基因内部特异的核苷酸序列开发高效、准确鉴定BPH6基因型的分子标记。

本发明提供一种水稻抗褐飞虱基因BPH6的分子标记，所述分子标记为含有如SEQID NO.1所示的第188位的多态性为T/C的核苷酸序列，和/或，为含有如SEQ ID NO.1所示的第4438～4445位的多态性为5’-CGAAACAC-3’/5’-TGCAGGGG-3’的核苷酸序列。

进一步地，本发明提供用于扩增所述分子标记的引物。

优选的，所述引物的核苷酸序列如下：

SEQ ID NO.2:AGGGCCTCTGGCGCTCTAC；

SEQ ID NO.3:AATGTGAAAGTGCAATTAGAAGGT；