[发明专利]检测奶牛CCL28基因单核苷酸多态性的试剂盒及RFLP方法及相关SNPs在审
申请号: | 201811169401.4 | 申请日: | 2018-10-08 |
公开(公告)号: | CN109022599A | 公开(公告)日: | 2018-12-18 |
发明(设计)人: | 张晓建;姚竞杰;白跃宇;赵俭;张伟;王三虎;郭利亚;吕亚南;安志兴;韦光辉 | 申请(专利权)人: | 河南科技学院 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12Q1/683;C12N15/11 |
代理公司: | 西安铭泽知识产权代理事务所(普通合伙) 61223 | 代理人: | 李振瑞 |
地址: | 453003 河南省*** | 国省代码: | 河南;41 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 奶牛 单核苷酸多态性 试剂盒 基因 乳腺炎 个位 聚丙烯酰胺凝胶电泳 分子遗传学领域 中国荷斯坦奶牛 标记辅助选择 奶牛乳腺炎 基因组DNA 单倍体型 电泳结果 基因片段 抗病性状 酶切位点 种检测 检测 可用 酶切 抗病 消化 | ||
本发明属于分子遗传学领域,具体涉及一种检测奶牛CCL28基因单核苷酸多态性的试剂盒及RFLP方法及相关SNPs。该RFLP方法以奶牛基因组DNA为模板,PCR扩增奶牛CCL28基因片段,通过创造酶切位点消化PCR扩增产物,再对酶切后的片段进行聚丙烯酰胺凝胶电泳,根据电泳结果鉴定CCL28基因3个位点的单核苷酸多态性,并确定三个位点形成的单倍体型与奶牛乳腺炎的抗病性状相关。本发明利用在DNA水平上检测奶牛CCL28基因SNPs的RFLP方法简单、快速、成本低,且该试剂盒可用于中国荷斯坦奶牛乳腺炎抗病标记辅助选择,以便建立稳定的抗乳腺炎奶牛群。
技术领域
本发明属于分子遗传学领域,具体涉及一种检测奶牛CCL28基因单核苷酸多态性的试剂盒及RFLP方法及相关SNPs。
背景技术
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是由于单个核苷酸的突变而引起DNA序列的多态性,有单碱基的转换、颠换、缺失和插入等4种形式。SNP是目前被研究最多、前景最大的一种第三代分子标记技术,是物种遗传多样性的主要原因之一。该标记方法具有遗传稳定性、分布广泛性、功能普遍性、二态性、等位基因性、快速检测和自动化分析等特点。而且,SNP与包括奶牛在内的生物的众多表型性状密切相关,通过对候选基因的SNPS的筛选、单倍体组合的分析以及与相关生长、生产或者抗病性状进行关联分析得出育种方案,可以为奶牛的抗病育种前期工作奠定良好基础。
截至目前,经过大量探索和改进,形成了许多用于检测SNP的方法,最常见的有单链构象多态技术(SSCP)、直接测序技术、高分辨率溶解曲线分析技术(HRM)、基质辅助激光解吸电离飞行时间(MALDI-TOF)、芯片法以及PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)。其中PCR-RFLP方法是一种有效的检测技术,该方法在发现SNP位点后,选用先天的或者创造酶切位点,使用限制性内切酶进行切割,然后通过琼脂糖或聚丙烯酰胺电泳分析,准确鉴别不同个体该位点的不同基因型。该方法不仅具有测序法的准确性,又克服了其他费用昂贵、操作繁琐、假阳性的缺点。
抗病性的标记辅助选择(molecular mark-assist selection,MAS)就是预判疾病抗性的有或无、大或小,具体就是挖掘与生物体疾病相关的抗性基因的分子标记,然后借助DNA分子标记对群体资源进行选择,最终对不同个体的抗病性能进行预判,或者达到早期选种以及抗病育种的目的,从而在个体疾病防控或者畜禽抗病育种获得更大的遗传进展。
奶牛乳腺炎(Mastitis)是指奶牛乳腺组织受到物理、化学刺激,尤其是微生物的侵袭而发生的一种炎症反应,它不仅影响乳汁品质,而且降低产奶量,给奶业发展造成了严重的危害,是危害奶牛业发展的四大疾病之一,因此,及时准确预判奶牛个体未来乳腺炎发病情况就显得尤为重要了。而乳汁中的体细胞评分(SCS)和乳腺炎之间的平均遗传相关值为0.70,高的遗传相关使得人们可以通过候选基因多态性与SCS进行关联分析,最终得到显著影响奶牛乳腺炎抗性的分子标记。
趋化因子(Chemokinne,CK)指能使细胞发生趋化运动的小分子细胞因子,其在肿瘤等疾病中发挥重要作用。CCL28是CC趋化因子中的一员,参与炎症反应,具有防御功能,转录组学分析CCL28在健康和患病乳腺组织中存在差异表达,预示其可以参与乳腺炎的发病过程。
目前,现有技术存在的问题是,缺乏检测奶牛CCL28基因单核苷酸多态性的专用试剂盒。
发明内容
本发明提供的一种检测奶牛CCL28基因单核苷酸多态性的试剂盒及RFLP方法及相关SNPs,利用限制性内切酶KpnⅠ、HindⅢ、SalⅠ可快简单、快速、成本低、精确地检测奶牛CCL28基因3个单核苷酸多态性位点,从而简单、快速、成本低、精确地检测奶牛CCL28基因单核苷酸的多态性。
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