[发明专利]一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法

说明书

本发明公开了一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，属于鳜鱼分子遗传学领域。所述漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，包括如下步骤：步骤1：基因组DNA的提取；步骤2：引物设计；步骤3：PCR扩增；步骤4：载体拼接、转化、克隆测序；步骤5：序列拼接。本发明以漓江斑鳜为研究对象,设计出14对扩增引物对，经过克隆测序并经过软件拼接，即可获得漓江斑鳜线粒体基因的全长，为漓江斑鳜的种群鉴定、种质资源保护以及养殖选种应用等提供资料和依据，对于深度开展漓江斑鳜资源的保护和利用有着重要的理论意义和应用前景。

技术领域

本发明涉及一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，属于鳜鱼分子遗传学领域。

背景技术

漓江是西江水系重要支流，特殊的岩溶地质地貌，多洞穴暗河，具有生境特有程度高、物种数量多、水生态系统齐全的显著特点，是位居全国前列的水生生物多样性重要地区，是全国鱼类生物多样性研究的热点地区。漓江丰富的生态环境为鱼类物种的生存提供了优越的条件。渔业资源丰富，共有鱼类153种和亚种，是许多经济鱼类的原产地和鱼苗生产基地，也是广西最重要的淡水渔业基地之一，斑鳜是漓江渔业资源的重要组成部分，也是我国鳜鱼种质资源的重要来源。

斑鳜(Siniperca scherzeri Steindachner)隶属于鲈形目、鮨科、鳜亚科、鳜属,又名石鳜、岩鳜、花鲫子等,分布于我国黄河以南的长江至珠江,辽河、鸭绿江及其以南的海河等水系,为典型的肉食性底层鱼类。斑鳜出现遗传分化的时间较早,与同属的翘嘴鳜(S.chuatsi)、大眼鳜(S.kneri)相比,生长速度慢但抗病力较强,因其肉质细嫩、味道鲜美、无肌间刺、营养价值高、具观赏性,又有“淡水石斑”之美誉，广泛受到国内及韩国、日本、新加坡等地消费者欢迎，是我国重要出口创汇水产品种之一。

近年来，随着经济建设的发展和人类活动的加剧，受到游船、工农业污染、酷渔滥捕和气候变化等因素的影响，漓江流域野生斑鳜分布区迅速缩小，资源急剧衰退，已引起科学界和管理层的高度关注。目前漓江流域斑鳜资源家底还未完全清楚；漓江上中下流之间由于斑鳜长期适应性进化形成的明显不同的生态种群的遗转学差异以及多样性形成的分子机制尚未解析；此外，阐明有关品种基因组学特征以及重要经济性状相关功能基因的挖掘对于深度开发利用斑鳜资源，促进名贵鱼类养殖生产的可持续发展具有重大的科学意义和应用价值。

遗传多样性和遗传结构是一个物种的重要特征，遗传多样性是物种繁衍、抵抗疾病和适应环境变化的适应性产物。遗传结构是物种遗传变异的种属特征，与物种进化历史和生物学特性等密切相关，同时反映生态适应进化、环境变迁与自然选择的效应。了解种群的遗传结构和变异是评估资源现状，制定野生种群保护与恢复策略，实施养殖种群种质的遗传改良重要前提。研究表明，斑鳜不同地理群体间的遗传分化明显，如北方的海河和鸭绿江群体，南方的长江和闽江群体。长江水系洞庭湖、鄱阳湖、秋浦河和太湖4个鳜群体以及洞庭湖水系不同地理位置鳜的遗传结构也发生了一定的遗传分化，长江通江湖泊群体、无放流陆封型湖泊群体、放流的陆封型湖泊群体的遗传多样性依次减小，江湖阻隔是导致定居性鱼类鳜种群间发生遗传分化的重要原因之一。然而，上述研究主要集中在长江流域和洞庭湖水系的不同群体，而漓江水系不同地理种群鳜的遗传结构研究资料缺乏。

鉴于此，有必要提供一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，以解决现有技术的不足。

发明内容

本发明的目的是克服现有技术的不足，提供一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法。本发明以漓江斑鳜为研究对象,设计出14对扩增引物对，经过克隆测序并经过软件拼接，即可获得漓江斑鳜线粒体基因的全长，为漓江斑鳜的种群鉴定、种质资源保护以及养殖选种应用等提供资料和依据，对于深度开展漓江斑鳜资源的保护和利用有着重要的理论意义和应用前景。

本发明解决上述技术问题的技术方案如下：一种漓江斑鳜线粒体全基因组测序的方法，包括如下步骤：

步骤1：基因组DNA的提取