[发明专利]使用目标基因表达的概率建模评估细胞信号传导途径活性

权利要求书

1.一种方法，其包括：

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的一个或多个表达水平(20)来推断所述医疗受试者的组织中的一种或多种细胞信号传导途径的活性，其中所述推断包括：

通过评价概率模型(40-1，...，40-7)优选Bayesian网络(40-1，...，40-7)的至少一部分来推断医疗受试者的组织中一种或多种细胞信号传导途径的活性，其表示对于一组输入的一种或多种细胞信号传导途径，所述一组输入包括至少在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的一个或多个表达水平(20)；

估计医疗受试者的组织中至少一种转录因子(TF)元件(至少一个控制一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的TF元件)的水平(46)，所述估计至少部分基于与至少一个TF元件和在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的一个或多个表达水平(20)有关的条件概率；

基于组织样品中转录因子的估计水平来推断一种或多种细胞信号传导途径的活性；和

基于医疗受试者的组织中的一种或多种细胞信号传导途径的推断活性来确定在医疗受试者的组织中一种或多种细胞信号传导途径是否运行异常；

其中通过数字处理设备(12)使用一种或多种细胞信号传导途径的所述概率模型(40-1，...，40-7)来进行所述推断。

2.权利要求1的方法，其中所述推断包括：

估计医疗受试者的组织中由概率模型的TF节点所代表的至少一种转录因子(TF)元件的水平(46)，所述TF元件控制一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的转录，所述估计至少部分基于与代表在医疗受试者的组织的提取样品中测量的一种或多种细胞信号传导途径的一个或多个目标基因的概率模型中的所述TF节点和多个节点相关的所述概率模型(40-1，...，40-7)的条件概率；

并且其中所述推断优选通过使用包含代表关于所述一种或多种信号传导途径的信息的节点的Bayesian网络(40-1，...，40-7)及所述Bayesian网络的连接节点之间的条件概率关系来进行。

3.权利要求1或2中任一项的方法，其中所述一种或多种细胞信号传导途径包含Wnt途径、ER途径、AR途径和/或Hedgehog途径。

4.权利要求3的方法，其中所述推断包括：

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的Wnt途径的一个或多个、优选至少三个目标基因的表达水平(20)来推断所述医疗受试者的组织中Wnt途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：KIAA1199、AXIN2、RNF43、TBX3、TDGF1、SOX9、ASCL2、IL8、SP5、ZNRF3、KLF6、CCND1、DEFA6和FZD7。

5.权利要求3或4的方法，其中所述推断(还)包括：

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的ER途径的一个或多个、优选至少三个目标基因的表达水平(20)来推断所述医疗受试者的组织中ER途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：CDH26、SGK3、PGR、GREB1、CA12、XBP1、CELSR2、WISP2、DSCAM、ERBB2、CTSD、TFF1和NRIP1。

6.权利要求3-5中任一项的方法，其中所述推断(还)包括：

至少基于在医疗受试者的组织的提取样品中测量的Hedgehog途径的一个或多个、优选至少三个目标基因的表达水平(20)来推断所述医疗受试者的组织中Hedgehog途径的活性，所述目标基因选自包含以下的组：GLI1、PTCH1、PTCH2、IGFBP6、SPP1、CCND2、FST、FOXL1、CFLAR、TSC22D1、RAB34、S100A9、S100A7、MYCN、FOXM1、GLI3、TCEA2、FYN和CTSL1。