[发明专利]一种与鸡体尺性状相关的SNP及其应用

说明书

本发明公开了一种与鸡体尺性状相关的SNP分子标记及其在育种中的应用，其所述SNP分子标记对应于鸡let‑7b前体区基因序列中的突变位点g.710 GC，该SNP位点的基因型为GG、GC和CC。本发明的SNP分子标记，即鸡let‑7b前体区基因序列中的突变位点g.710 GC与鸡体尺性状相关，是一个新的分子标记，通过确定该鸡SNP位点的基因型对鸡体尺性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，更好地应用于鸡的育种中，具有很大的经济应用价值和科研价值。

技术领域

本发明涉及基因检测技术领域，特别涉及一种与鸡体尺性状相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

MicroRNA(miRNA)是一类约有22个左右核苷酸的内源性非编码单链RNA。随着分子生物研究技术与方法的快速发展，研究人员发现了越来越多的miRNA。miRNA是由一段长度为70～80个核苷酸的且包含一段发夹结构的miRNA前体(pre-miRNA)剪切后生成。MiRNA通过与其靶标基因mRNA的3’端非编码区域(3-untranslated region，3’UTR)互补导致该mRNA的翻译受到抑制实现对基因的调控。miRNA虽然不直接编码蛋白质，但其编码的RNA在生物的整个生命过程中发挥着重要作用。目前发现miRNAs能够参与许多调节途径，包括骨骼肌发育、病毒防御机制、造血过程、器官形成分化、细胞增殖和死亡、脂肪代谢等。

近些年来，随着基因组学和全基因组关联分析等技术的迅速发展，miRNA已然成为国内外动物遗传育种研究中的热门领域。在国内，金晶等利用高通量测序技术对荷斯坦牛泌乳期高乳品质奶牛(H)和泌乳期低乳品质奶牛(L)乳腺组织进行了miRNA测序，通过差异表达分析筛选组间差异miRNAs，获得56个差异表达miRNA(P＜0.05)，并对差异表达miRNA进行靶基因预测，经过对靶基因筛选，发现了4个已报道与乳蛋白、乳脂紧密相关的功能基因：CSN3、SCD、LALBA和DGAT2。靶基因聚集的生物学功能多数参与了蛋白质和脂肪代谢，乳腺发育和分化，以及免疫功能。凌英会等对山羊肌肉组织进行Solexa测序并进行生物信息学分析，共鉴定出517个物种间保守的和2个山羊基因组特有的miRNA。本课题组前期通过靶标预测软件预测并通过双荧光素酶靶标验证系统验实GHR与IGF2BP3为let-7b的靶标位点，let-7b的过表达会导致GHR、IGF2BP3的mRNA表达量明显下调，证明let-7b对GHR、IGF2BP3基因具有负向调控作用，同时，发现let-7b通过介导GHR基因来影响JAK-STAT信号通路，从而调控骨骼肌的生长发育。还有许多报道表明，miRNAs广泛的参与到鸡胚的生长发育、性成熟、神经细胞和肌肉细胞的增殖和分化和细胞迁移[29-33]等一系列生命活动中。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms，SNP)是指生命个体基因组序列中单个核苷酸发生的突变。SNPs在DNA水平上出现的频率非常高，在所有突变形式中高达九成以上，但其中很多突变都集中在非编码区，其他很少的突变分布在基因的编码区。有证据显示，SNP可以对RNA、DNA和蛋白水平对基因的表达及功能产生影响，是导致个体与群体之间的包括疾病发生，药物敏感与表型差异等的重要因素，其成熟体和前体序列上的SNP有改变其形成过程甚至改变成熟体的靶标位点或改变与靶基因的结合强度，致使miRNA的功能发生变化，从而致使动物性状的变异。每个miRNA都有不止一个靶标位点，这就意味着位于miRNA上的SNP有着重要的意义，因此筛选miRNA成熟体序列和前体序列上的SNPs，揭示其功能是很有研究意义的。当前查找筛选SNP是用sanger测序或者PCR-RFLP法来进行的，由于这些技术方法的效率较低，近些年来迅速发展的genechip技术和High-throughputsequencing能够在基因组水平上进行高效率的筛查突变位点。研究表明位于miRNA种子区的SNP更是稀缺，而存在于miRNA前体区的SNP数量较多被广泛应用于遗传学诊断、肿瘤易感性等领域。