[发明专利]小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记、检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记TC113325、利用该分子标记检测小麦抗叶锈病基因Lr42的方法及其应用，该分子标记通过以下引物扩增得到，其中上游引物序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示，下游引物序列如SEQ ID NO.3所示，利用上述SNP分子标记TC113325检测小麦抗叶锈病基因Lr42具有检测通量高、时间短、准确性高、易于实现自动化、成本低、环境友好等特点，有利于在育种工作中进行规模化应用。

技术领域

本发明涉及作物分子生物学和分子育种领域，尤其涉及一种小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记、检测方法及其应用。

背景技术

小麦作为世界40％人口的主粮，是我国三大主粮之一，我国是世界第一人口大国，粮食供应安全是我国一项需要始终坚持的战略性任务。叶锈病是小麦一种主要叶部病害，由真菌Puccinia triticina Eriks引起，病害严重的年份可以引发小麦减产40％(Knott1989)。选育和推广抗病样品是防治病害发生最有效的策略，通过分子标记将多个抗病基因聚合于同一个品种是抗病育种的主要方法。

Lr42是来自于小麦近缘种节节麦(A.tauschii(TA2450))的一个抗叶锈病基因，该基因被定位于小麦1DS染色体，本研究所用抗病亲本材料KS93U50是一个A.tauschii的渐渗系材料(Bacon et al.,2006；Singh et al.,2007)，对叶锈病具有显著的抗性，Martin etal.(2003)报道了Lr42基因对于小麦增产也具有明显的促进作用。目前Lr42仍是美国中部“硬红冬”麦区的主要抗源之一，该基因在我国的应用很少，中国农科院研究表明该基因在我国毒性频率较低，具有优异的抗病应用前景。

Sun等(2010)开发了3个与Lr42连锁的SSR分子标记，分别是Xwmc432、Xcfd15、Xgdm33，这三个标记在应用过程中存在检测程序复杂、时间长、准确性较差的问题，不能满足现代育种的需求。

发明内容

为了克服现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记TC113325、利用该分子标记检测小麦抗叶锈病基因Lr42的方法及其应用，通过该分子标记可以更好的满足育种过程中对Lr42基因快速、低成本的精确性检测需求。

本发明的目的采用如下技术方案实现：

小麦抗叶锈病基因Lr42的SNP分子标记，通过以下引物扩增得到，其中上游引物序列如SEQ ID NO.1：

GAAGGTGACCAAGTTCATGCTGGTGTTTGGCAGCATCATCACC

和SEQ ID NO.2：

GAAGGTCGGAGTCAACGGATTGGTGTTTGGCAGCATCATCACG所示；下游引物序列如SEQ IDNO.3：GACAACTTGAGACACTAGATATCAGAGAT所示。

进一步地，该分子标记和小麦抗叶锈病基因Lr42的遗传距离为0.2cM。

进一步地，该分子标记的突变位点为C/G。

进一步地，检测小麦抗叶锈病基因Lr42的方法，采用上述引物扩增得到的SNP分子标记的产物进行检测。

进一步地，检测小麦抗叶锈病基因Lr42的方法，包括以下步骤：

(1)提取小麦叶片DNA；

(2)将步骤(1)提取的小麦叶片DNA进行分子标记的PCR扩增，所用引物的序列如SEQ ID NO.1-3所示；

(3)对PCR产物进行检测，判断是否含有小麦抗叶锈病基因Lr42。