[发明专利]一种circbank数据库系统及其应用

权利要求书

1.一种circbank数据库系统，其特征在于，所述数据库系统运行架构由数据持久层、数据模型层和人机交互层组成；其中所述数据持久层位于最底层，其在磁盘上保存了记录文件；所述数据模型层位于中间层，用于提供与数据库连接及数据处理接口，完成来自上层的业务请求，实现对业务逻辑的处理；所述人机交互层位于最上层，其用于为用户提供各种数据接口，包括各级菜单和各种图形界面组件，交互层接受用户请求，对请求进行分析和分发，最后对处理结果进行展示或保存为对应格式的文件；所述circbank数据库系统包括六大模块：circRNA科学命名模块、circRNA-miRNA结合预测分析模块、circRNA保守性分析模块、circRNA的m6A修饰信息模块、circRNA突变分析模块、circRNA蛋白翻译潜能分析模块；

所述circRNA科学命名模块采用如下命名规则：

（1）命名基本格式：物种_circ基因名_三位阿拉伯数字；

（2）一个基因名只对应一个circRNA时，则命名为：物种_circ基因名_001；

（3）同一基因名对应多个circRNA时，三位阿拉伯数字的规则，依据转录起始和终止靠前的原则来排列，谁先转录谁排前，同时转录看谁先终止；

（4）针对正链来源的circRNA，依据circRNA坐标起点数值从左到右、从小到大排列顺序，排在最前面的命名为001，后续依次排列；

（5）针对负链来源的circRNA，依据circRNA坐标起点数值从右到左、从大到小排列顺序，排在最前面的命名为001，后续依次排列；

（6）遇到转录起始终止坐标完全一致但序列长度不一致的circRNA时，三位阿拉伯数字前加大写V，依据序列从长到短，从V001往后依次排列；

（7）同一基因名对应既有正链又有负链来源的circRNA时，按以上规则先命名正链的circRNA，再命名负链的circRNA；

（8）如果circRNA没有对应的基因名，则按对应的染色体来命名，数字按5位阿拉伯数字计数，由00001起始。

2.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述记录文件选自生物信息记录、数据文件及系统日志文件中的一种或多种。

3.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述记录文件选自circRNAS Data File、miRNAS Data File、Log File中的一种或多种。

4.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circRNA蛋白翻译潜能分析模块通过蛋白翻译预测算法工具CPAT：Coding-Potential Assement Tool预测circRNA的编码潜能。

5.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circRNA-miRNA结合预测分析模块采用miRanda和targetscan两种算法对所有人类circRNA进行了miRNA结合位点预测，通过该circbank数据库系统可检索每个人circRNA结合miRNA的情况。

6.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circRNA保守性分析模块通过序列对比分析，提供人circRNA对应保守的小鼠circRNA序列。

7.根据权利要求1所述的circbank数据库系统，其特征在于，所述circRNA突变分析模块包含了circRNA基因位置上包含的人类疾病相关基因突变位点信息，其通过circRNA基因区域包含的基因突变位点ID号、突变位点在基因组上坐标信息、染色体正负链和参考文献的pubmed ID号进行展示。

8.采用如权利要求1的circbank数据库系统在人类circRNA基因库的综合检索应用，其特征在于，对circRNA基因库构建全新命名体系，综合运用circRNA基因序列、基因注释信息、miRNA结合预测、翻译蛋白潜能、序列保守性、序列突变信息和circRNA转录后修饰信息，为circRNA在生物医学科研中的研究提供检索和预测。