[发明专利]病毒基因组突变检测方法、装置和存储介质

权利要求书

1.一种病毒基因组突变检测方法，其特征在于，所述方法包括：

获取病毒的全基因组文库或目标区域文库的二代测序数据，所述二代测序数据包括病毒的全基因组或目标区域的测序读长；

将所述测序读长比对到病毒的参考基因组上，获得正确比对上的测序读长；

将全部所述正确比对上的测序读长上的碱基直接翻译成氨基酸残基；

统计每条测序读长上每个位点的氨基酸残基，获得每种测序读长上每个位点的各种氨基酸残基的比例；

根据所述比例分析出每个位点的氨基酸突变情况。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒的全基因组文库或目标区域文库是使用引物对病毒的全基因组或目标区域进行PCR扩增获得的目的片段后进行文库构建获得的文库，其中所述引物是用于捕获病毒的全基因组或目标区域的引物。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序读长经过质控和过滤后再与所述病毒的参考基因组进行比对。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述氨基酸突变情况包括氨基酸突变种类和频率。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒包括其宿主体内的至少一种病毒的全部病毒准种。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病毒是乙肝病毒。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述氨基酸突变是与耐药性相关的突变。

8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述氨基酸突变是位于病毒的逆转录酶区的突变。

9.一种病毒基因组突变检测装置，其特征在于，所述装置包括：

测序数据获取单元，用于获取病毒的全基因组文库或目标区域文库的二代测序数据，所述二代测序数据包括病毒的全基因组或目标区域的测序读长；

测序读长比对单元，用于将所述测序读长比对到病毒的参考基因组上，获得正确比对上的测序读长；

碱基翻译单元，用于将全部所述正确比对上的测序读长上的碱基直接翻译成氨基酸残基；

氨基酸残基统计单元，用于统计每条测序读长上每个位点的氨基酸残基，获得每种测序读长上每个位点的各种氨基酸残基的比例；

氨基酸突变分析单元，用于根据所述比例分析出每个位点的氨基酸突变情况。

10.一种计算机可读存储介质，其特征在于，包括程序，所述程序能够被处理器执行以实现如权利要求1-8中任一项所述的方法。