[发明专利]使用相乘形式的模型鉴定生物分子的方法、系统和软件

权利要求书

1.一种进行定向进化的方法，所述方法包括，

(a)获得多个蛋白变体中每一个的序列和活性数据；

(b)从针对所述多个蛋白变体中的每一个的所述序列和活性数据生成相乘性序列-活性模型，其中所述相乘性序列-活性模型包括：

多个非交互作用相乘项，每一个非交互作用相乘项包括系数和自变量的乘积，所述系数代表蛋白序列或编码所述蛋白序列的核酸序列中特定位置处的特定氨基酸或核苷酸对活性的贡献，和所述自变量代表蛋白序列或编码所述蛋白序列的核酸序列中特定位置处的特定氨基酸或核苷酸的存在或不存在，所述非交互作用相乘项仅代表特定的氨基酸或核苷酸，并且所述多个非交互作用相乘项通过相乘合并，和

代表所述蛋白变体的活性的因变量；

(c)用所述相乘性序列-活性模型来选择用于一轮定向进化的一个或更多个多肽或多核苷酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括：通过评价所述相乘性序列-活性模型的一个或更多个系数鉴定对所述活性有贡献的一个或更多个特定位置处的一个或更多个特定氨基酸或核苷酸，其中所述一个或更多个系数代表所述一个或更多个特定位置的特定氨基酸或核苷酸对活性的贡献。

3.根据权利要求2所述的方法，其中(c)还包括：

选择用于一轮定向进化的一个或更多个突变，其中所述一个或更多个突变处于所述一个或更多个特定位置；以及

选择所述一个或更多个多肽或多核苷酸，其中所述一个或更多个多肽或多核苷酸包含所述一个或更多个突变。

4.根据权利要求2所述的方法，所述方法还包括：对所述一个或更多个多肽或多核苷酸在所述鉴定的一个或更多个位置处进行饱和诱变。

5.根据权利要求2所述的方法，其中所述一个或更多个系数被确定为大于其他系数。

6.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括：

将多个蛋白序列或多个氨基酸序列应用于所述相乘性序列-活性模型并确定所述相乘性序列-活性模型针对所述多个蛋白序列或核酸序列的每一个预测的活性值；以及

通过评价由所述相乘性序列-活性模型针对所述多个蛋白序列或核酸序列预测的活性值，从所述多个蛋白序列或多个氨基酸序列中选择所述一个或更多个多肽或多核苷酸。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，所述方法还包括：制备或测定所述一个或更多个多肽或多核苷酸。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，所述方法还包括使用所述一个或更多个多肽或多核苷酸进行一轮定向进化。

9.根据权利要求8所述的方法，其中进行一轮定向进化包括片段化并重组被所述模型预测为具有期望的活性水平的所述一个或更多个多肽或多核苷酸。

10.根据权利要求8所述的方法，其中进行一轮定向进化包括对被所述模型预测为具有期望的活性水平的所述一个或更多个多肽或多核苷酸进行饱和诱变。

11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述非交互作用相乘项以系数×自变量的形式提供。

12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，其中所述非交互作用相乘项以(1+系数×自变量)的形式提供。

13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述系数被提供于查阅表中。

14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，所述方法还包括对所述一个或更多个多肽或多核苷酸重排。

15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，所述方法还包括形成蛋白变体文库。