[发明专利]hsa_circRNA_0000798作为肝癌早期诊断或预后评估生物标记物的应用

说明书

本发明涉及hsa_circRNA_0000798作为肝癌早期诊断或预后评估生物标记物的应用，本发明首次通过RNA‑seq测序发现hsa_circRNA_0000798在HCC PBMCs中较正常对照显著高表达。随后在72个HCC PBMCs中再次证明其较高的表达，并发现其对HCC有很好的诊断效果，具有作为肝癌非侵袭性的诊断生物标记物的潜力。

技术领域

本发明属于基因技术领域，涉及hsa_circRNA_0000798作为肝癌早期诊断或预后评估生物标记物的应用。

背景技术

肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma，HCC)是临床上最常见的恶性肿瘤之一，与肺癌、胰腺癌一起被称为病死率最高的三大癌症。严重危害人民的健康。仅有少数肝癌患者被明确诊断时具有手术的机会且术后存活期较短。因此，寻找肝癌的早期诊断或预后生物标记物迫在眉睫。

近年来，HCC中发现诸如miRNA、LncRNA等非编码RNAs表达失调。大量研究表明，这些非编码RNA对HCC早期诊断、发生发展机制研究、临床转归预测、治疗靶标的寻找等具有很大的应用价值。与此相比，作为一类新的非编码RNA，环状RNA(circular RNAs， circRNAs)是一种具有环状结构、无poly(A)尾、高保守性、表达有细胞特异性、组织特异性、疾病特异性等特点。并且基于其首尾相接成环的结构特点，使其较miRNA、LncRNA而言具有非常稳定的特性，不易被RNA酶降解。提示circRNAs可能是一类新型的疾病生物标记物，在疾病诊断方面具有潜在价值。

专利申请CN 201710451830.X、CN 201710451836.7、CN 201710452232.4、CN201710452742.1中，戴等人基于芯片发现全血中hsa_circRNA_102032、hsa_circRNA_103096、 hsa_circRNA_400031、hsa_circRNA_102347对于肝癌诊断、预后、治疗的应用。然而较芯片而言，高通量测序(RNA-seq)是开放系统，检测基因不需要依赖已知基因组或转录组的参考序列，能发现和寻找到新的信息；检测动态范围大，芯片由于非特异性杂交的影响，不能检测到低丰度的转录本，而RNA-seq的灵敏度能达到总RNA中千万分之一的表达量；RNA-seq能够提供更为丰富的序列信息；RNA-seq实验的可重复性很高。

外周血单个核细胞(PBMCs)通常指单核细胞和淋巴细胞，代表先天免疫系统和适应性免疫系统的细胞。外周血单个核细胞中某些关键基因的改变常与肿瘤及肿瘤相关免疫等疾病的状态有关，提示外周血单个核细胞中基因表达的改变对疾病的诊断及预后具有潜在的意义。 PBMCs中circRNA表达谱的改变，提示circRNA在PBMCs中的表达谱可能是发现与生理或病理事件相关的生物标志物的有前途的工具。然而，肝癌患者PBMCs细胞中核糖核酸(circRNAs)的分布如何改变，以及它们是否可用于肝癌的诊断或预后尚不清楚。

为了研究特定的疾病分子在靶组织中的作用并了解其对疾病作用的分子机制，通常组织，比如癌变肝脏、癌旁组织是最感兴趣的。然而，由于癌旁组织也存在一定的癌变可能，并不能作为最可靠的正常对照，另一方面，肝等正常对照样本通常是不可能从健康志愿者获得的。更加限制了取样的可行性。因此必须寻找一种更方便，无创性，代价小，并且能够反映疾病状态的组织来作为疾病诊断的新工具或新的补充。

与PBMCs样品相比，全血样品是一种混合的样本，包含多种物质和组分，如PBMCs、红细胞、无细胞RNA、血浆、多核细胞等。全血测序会受到样品中出现的红细胞和表达血红蛋白基因如Hbα、Hbβ、Hbδ、HbγA、HbγG、Hb zeta、Hbε、Hb珠蛋白等的影响。如果在测序的全血全转录组样本中不除去Hb，则约30-70％测序数据将映射到Hb基因上并影响测序数据的标准化，因此一般不选用全血测序。