[发明专利]乙型肝炎病毒基因组突变检测方法及试剂盒和应用

权利要求书

1.一种巢氏PCR引物组合物，其特征在于，包括：

第一巢氏PCR引物组，所述第一巢氏PCR引物组包括SEQ ID NO：1-2所示的第一引物对和SEQ ID NO：3-4所示的第二引物对；以及

第二巢氏PCR引物组，所述第二巢氏PCR引物组包括SEQ ID NO：5-6所示的第三引物对和SEQ ID NO：7-8所示的第四引物对。

2.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求1所述的巢氏PCR引物组合物，其中，所述第一引物对、第二引物对、第三引物对和第四引物对均分开放置。

3.一种获得DNA样本的HBV基因组序列的方法，其特征在于，包括以下步骤：

利用第一巢氏PCR引物组对所述DNA样本进行第一巢氏PCR扩增，得到第一巢氏PCR扩增产物，其中所述第一巢氏PCR引物组包括SEQ ID NO：1-2所示的第一引物对和SEQ ID NO：3-4所示的第二引物对；

利用第二巢氏PCR引物组对所述DNA样本进行第二巢氏PCR扩增，得到第二巢氏PCR扩增产物，其中所述第二巢氏PCR引物组包括SEQ ID NO：5-6所示的第三引物对和SEQ ID NO：7-8所示的第四引物对；

将第一巢氏PCR扩增产物和第二巢氏PCR扩增产物混合，得到所述待测DNA样本的HBV基因组序列。

4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，

所述第一巢氏PCR扩增包括：利用第一引物对对所述DNA样本进行第一PCR扩增，得到第一PCR扩增产物，然后利用第二引物对对所述第一PCR扩增产物进行第二PCR扩增，得到所述第一巢氏PCR扩增产物；

所述第二巢氏PCR扩增包括：利用第三引物对对所述DNA样本进行第三PCR扩增，得到第三PCR扩增产物，然后利用第四引物对对第三PCR扩增产物进行第四PCR扩增，得到第二巢氏PCR扩增产物。

5.一种检测待测DNA样本的HBV基因突变的方法，其特征在于，包括以下步骤：

利用权利要求3或4所述的方法，获得所述待测DNA样本的HBV基因组序列；

基于所述待测DNA样本的HBV基因组序列进行文库构建，以便获得目的DNA文库；

将所述目的DNA文库进行测序，以便获得测序结果；

基于所述测序结果，确定所述待测DNA样本的HBV基因的突变信息。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，将所述待测DNA样本的HBV基因组序列依次进行DNA片段化、末端修复和添加碱基“A”、接头连接和PCR富集，以便实现所述文库构建。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其特征在于，将所述测序结果与HBV参照基因组进行比对，以便确定所述待测DNA样本的HBV基因的突变信息；

任选地，所述突变信息包括SNP位点突变、缺失突变、插入突变或者移码突变。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述HBV参照基因组选自GenBank数据库、EMBL数据库或者DDBJ数据库中至少一种。

9.根据权利要求5～8中任一项所述的方法，其特征在于，利用Hiseq2500平台进行所述测序。

10.根据权利要求5～9中任一项所述的方法，其特征在于，所述方法还包括：在所述待测DNA样本中选择取自于表现为HBV耐药患者的待测DNA样本，确定其中的耐药突变。