[发明专利]一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，所述SNP分子标记位于所述SEQ ID NO:1核苷酸序列的第68位，其碱基为G或A，通过本发明公开的该SNP分子标记和KASP引物组，鉴定或辅助鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度大小，本发明公开的SNP标记能够有效应用于瓦氏黄颡鱼的亲本选育和分子标记辅助育种。

技术领域

本发明涉及一种基于KASP技术鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的SNP分子标记及其应用，属于水产动物遗传及分子标记辅助选择育种技术领域。

背景技术

瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)是黄颡鱼属鱼类中个体最大的一个物种(体质量达1850g以上)，与黄颡鱼(P.fulvidraco)并为该属最具经济价值的两个物种，目前养殖热度很高的水产新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”是采用瓦氏黄颡鱼作为父本、黄颡鱼作为母本杂交得来，具生长快、体色诱人、抗病力强等优势。在水产新品种培育中，重中之重的环节便是亲本选育，而目前水产新品种杂交黄颡鱼“黄优1号”中作为父本的瓦氏黄颡鱼相比母本黄颡鱼，在种质改良方面的研究明显滞后，鲜有报道。在瓦氏黄颡鱼繁养殖规模迅速扩大的同时，存在着诸多育种问题，如耐低氧能力较黄颡鱼差，密度过高、连续阴雨或高温天气等带来的水体低氧会导致其翻塘死亡，致使瓦氏黄颡鱼池塘高密度养殖较少；肥满度是鱼体重量与鱼体体长立方数的比值，是反映鱼类肥瘦程度和生长情况的指标，而原有的捕捞野生亲本繁殖制种或多代近亲遗传方式导致了瓦氏黄颡鱼经济性状退化，肥满度变小。当务之急需对瓦氏黄颡鱼进行遗传改良，最有效的方法之一就是开发DNA分子标记，找到与耐低氧、肥满度性状连锁的标记，从而为该鱼的分子辅助育种提供遗传依据，这也是瓦氏黄颡鱼及杂交黄颡鱼“黄优1号”繁养殖业可持续发展的必备前提。

相比传统的分子标记(SSR、AFLP或RAPD等)，SNP作为第三代分子标记技术的代表，具有多态性好、广泛分布于全基因组的特点。如今，SNP分子标记技术已应用于水产动物耐低氧性状SNP标记开发中，如团头鲂(Megalobrama amblycephala)低氧诱导因子抑制因子研究中，在cDNA和启动子序列上3个SNP多态性位点与耐低氧能力显著相关；再如凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)筛选出过氧化氢酶基因上一个低溶氧耐受性相关的SNP标记(A/G)，以上这些SNPs位点对水产动物基因功能探究和分子辅助育种提供了重要的理论依据和实践经验。

但目前尚未见到有关瓦氏黄颡鱼与耐低氧能力、肥满度性状相关的SNPs研究报道。

发明内容

发明目的：为解决上述技术问题，本发明提供一种基于KASP技术鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的SNP分子标记及其应用。

技术方案：为达到上述发明目的，本发明采用以下技术方案：

一种鉴定瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性和肥满度的SNP分子标记，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO:1所示，所述SNP分子标记位于所述SEQ ID NO:1核苷酸序列的第68位，其碱基为G或A。

利用上述SNP分子标记进行检测，即检测待测瓦氏黄颡鱼12连锁群141cM位置的基因68bp处的SNP位点基因型是GG还是GA还是AA，根据所述待测瓦氏黄颡鱼的基因型确定其低溶氧耐受性和肥满度大小。待测三种基因型的瓦氏黄颡鱼低溶氧耐受性能力为GAGGAA，肥满度大小为AAGGGA。

所述瓦氏黄颡鱼12连锁群141cM位置基因的核苷酸序列如序列SEQ ID NO:1所示。

SEQ ID NO:1：