[发明专利]一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法

说明书

本发明涉及一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法，主要包括作图群体构建、简化基因组文库构建及高通量测序、基因分型和高密度遗传图谱构建四个步骤。本发明利用母本和子代的基因型对父本基因型进行反推，然后进行基因分型，从而构建遗传图谱，为样本材料中只有单亲本或难以同时获得双亲本的动植物家系遗传图谱的构建提供了新的思路和方法，有利于遗传图谱的构建，推进遗传背景的研究进程，在分子育种领域具有良好的应用前景。本发明采用基于SNP标记的分型技术，具有标记数量多、多态性丰富、遗传稳定等优点，得到的遗传图谱密度高、质量好，可用于后续重要经济性状的QTL定位和基因组的辅助组装。

技术领域

本发明属于海洋生物技术领域，特别涉及一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法。

背景技术

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)是我国重要的海洋渔业资源和海水养殖蟹类，具有体型大、生长快、营养丰富和肉质鲜美的特点，深受人们喜爱。近年来，我国拟穴青蟹人工养殖产量连年超过14万吨，并且保持良好的发展势头，具有很大的发展空间和养殖潜力。随着养殖规模的不断扩大，拟穴青蟹良种的需求量也在不断上升。但是，目前为止，人工养殖的苗种还主要来源于海区的自然苗，受海区自然条件的限制，其质量和数量均难以获得保证。此外，传统人工育苗技术的周期长，育苗成功率低。因此，借助于分子标记辅助育种技术，实现人工育苗的产业化和规模化将极大地促进青蟹产业的发展。

高密度遗传连锁图谱是重要经济性状QTL定位和分子标记辅助育种的基础，而且可以用于辅助基因组的组装，具有重要的理论和应用价值。第一个拟穴青蟹的遗传图谱是利用AFLP标记构建的(Ma et al.2016)，因其具有标记数量少、分布不均、覆盖密度低等缺陷，严重限制了其在QTL定位和基因组组装中的应用。SNP标记是指在基因组上单个核苷酸的变异，因其具有数量多、多态性丰富、遗传稳定等优点，是高密度遗传图谱构建的理想标记。SLAF-seq技术是基于高通量测序的大规模SNP标记开发与基因分型的新技术，已被成功应用于多个物种的遗传变异研究。

由于一些物种的人工养殖和繁殖技术还不成熟，或者是难以同时获得全同胞家系的父母本，这就限制了遗传图谱的构建。对于青蟹来说，在人工育苗过程中采用的亲蟹大多为海捕野生蟹，其父本难以寻找，因此，建立一种基于单亲本的拟穴青蟹遗传图谱构建技术十分有必要，从而为其经济性状QTL定位、全基因组关联分析和分子辅助育种提供有力支持。

发明内容

本发明的目的在于提供一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法，为样本材料中只有单亲本或难以同时获得双亲本的动植物家系遗传图谱的构建提供了新的思路和方法，有利于动植物遗传图谱的构建，在分子育种领域具有良好的应用前景。

一种拟穴青蟹高密度遗传图谱的构建方法，主要包括以下步骤：

(1)作图群体构建；

(2)简化基因组文库构建及高通量测序：选择最适的酶切方案，对检测合格的基因组DNA分别进行酶切；对得到的酶切片段进行3’端加A处理、连接Dual-index测序接头、PCR扩增、纯化、混样、切胶选取合适的目的片段，文库质检合格后用Illumina HiSeq^TM 2500平台进行测序；

(3)基因分型：过滤掉原始测序数据中低质量的Reads，根据Dual-index接头识别原始数据，得到每个样品的Reads；对过滤后的Reads进行质量和数量评估，并通过Control测序数据与其基因组的比对效率评估酶切效率；将酶切片段作为一个SLAF标签，通过GATK软件对每个SLAF标签中的多态性SNP标签进行检测和统计分析，并对多态性SNP标签进行基因型编码；