[发明专利]与油菜多分枝性状主效QTL位点连锁的SNP分子标记及应用

说明书

本发明公开了与油菜多分枝性状主效QTL位点紧密连锁的SNP分子标记及其应用，与位于A04染色体上的主效QTL位点连锁的SNP分子标记BN‑1，在该染色体第16318236位碱基呈现多态性，其碱基为A或G，与位于A10染色体上的主效QTL位点连锁的SNP分子标记BN‑2，在该染色体第17187477位碱基呈现多态性，其碱基为T或G。通过这两个分子标记可以预测油菜的分枝数目，应用于油菜分枝性状的早期鉴定和筛选。

技术领域

本发明属于分子生物学及遗传育种技术领域，具体涉及与油菜多分枝性状主效QTL位点紧密连锁的分子标记及其在油菜多分枝育种中的应用。

背景技术

油菜是我们重要的油料作物之一。油菜的产量受其株型结构和环境因素影响，而一次分枝数与产量直接正相关。我国油菜种植面积和产量均居世界第一，然而单产低于加拿大、澳大利亚等国家。因此，增加一次分枝数是增加油菜单产的有效途径之一。

分子标记辅助选择育种，可以减少盲目性，缩短育种年限，大大提高选择效率。分子标记辅助选择育种技术的关键是与重要农艺性状紧密连锁的DNA分子标记的鉴定。

目前，常用于辅助育种的分子标记有简单序列重复(simple sequence repeats,SSR)标记，插入/缺失多态性(Insertion/Deletion，InDel)标记和单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism,SNP)标记。这三种标记具有共显性、重复性好和多态性丰富等优点。SNP标记通过对目标区段的同源序列测序，根据同一位点核苷酸的多态性设计，具有操作简单、结果稳定等优点。

申请人利用自然群体中一次分枝数表型差异的2个亲本构建F2群体，利用简化基因组重测序构建遗传图谱，共检测到2个主效QTL位点，利用重测序数据开发出了2个SNP标记，并在后代群体中进行了验证。

发明内容

本发明的目的在于提供了2个与油菜多分枝性状主效QTL位点紧密连锁的SNP分子标记，与主效QTL位点Chr.A04-BN-1紧密连锁的SNP分子标记为BN-1，SNP位点为第16318236位碱基，其碱基为A或G；与主效QTL位点Chr.A10-BN-2紧密连锁的SNP分子标记为BN-2，SNP位点为第17187477位碱基，其碱基为T或G。

本发明的另外一个目的是提供了一种油菜多分枝性状的连锁标记在油菜分枝性状育种中的应用。此类标记不仅可用于辅助选择育种，也可为今后分枝数主效基因的克隆提供基础。

为了实现上述的目的，本发明采用以下技术措施：

油菜多分枝性状主效QTL位点的发掘方法，它包括如下步骤：

a)利用油菜分枝数差异组合5L795(15分枝)和5L796(4分枝)进行杂交，F1代自交产生F2代分离群体；

b)提取亲本5L795和5L796、F1代及F2代分离群体的叶片总DNA；

c)利用GENOSEQ公司的简化基因组测序平台对油菜两亲本及F2分离群体DNA样品进行分型，在亲本中筛选到有多态性的SNP位点后，获得多态性SNP位点在F2群体中的分布；

d)通过在F2代分离群体中SNP位点的分布进行数据分析，根据连锁交换规律，利用群体基因型资料构建油菜的遗传图谱，所用软件为Joinmap3.0，最小LOD值设为2.5，获得连锁图谱(图1)；将双亲本及F2群体的198个单株的分枝数数据及多态性的分布情况输入计算机，运行WinQTL cart4.0软件对数据进行关联性分析，单向方差分析测得与多分枝性状相关的概率P值和位点对多分枝性状的贡献率，检测到2个与分枝数相关的主效QTL位点，并得到与其紧密连锁的2个SNP标记。

主效QTL位点Chr.A04-BN-1位于第A04染色体，连锁标记为BN-1，该分子标记在该染色体第16318236位碱基处呈现多态性，其碱基为A或G。