[发明专利]一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法

权利要求书

1.一种基于全基因组DNA甲基化位点基因型的分型方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)分别提取群体中每一个体的相同组织样品的基因组DNA；

2)根据所述步骤1)提取的每个样品的基因组DNA建立重亚硫酸盐处理的DNA文库；

3)分别对每个样品建立的重亚硫酸盐处理的DNA文库进行测序，得到每个样品的测序结果；

4)根据步骤3)每个样品的测序结果鉴定每个样品的DNA甲基化位点；

5)计算每个样品的每个DNA甲基化位点的甲基化支持率，根据甲基化位点的DNA甲基化支持率进行基因型分型；

当DNA甲基化支持率大于0.7时，基因型为M:M；

当DNA甲基化支持率为[0.3～0.7)时，基因型为U:M或M:U；

当DNA甲基化支持率小于0.3时，基因型为U:U。

2.根据权利要求1所述的分型方法，其特征在于，所述步骤2)基因组DNA建立重亚硫酸盐处理的DNA文库的方法包括：

将所述基因组DNA随机打断为200～300bp的片段；

将得到的片段依次进行末端修饰、加A尾和连接测序接头，得到连接后的片段；

将所述连接后的片段进行重亚硫酸盐处理，得到处理后的片段；

将所述处理后的片段进行PCR扩增，得到DNA文库。

3.根据权利要求2所述的分型方法，其特征在于，所述测序接头的胞嘧啶经甲基化修饰。

4.根据权利要求1所述的分型方法，其特征在于，所述步骤1)相同组织样品是在相同生长环境下不同个体在同一时间点获取得到的。

5.根据权利要求1所述的分型方法，其特征在于，所述步骤3)测序的深度为30×。

6.根据权利要求1所述的分型方法，其特征在于，所述步骤步骤4)鉴定的方法包括：

将测序得到的序列和测序read分别作C转化为T和G转化为A；

将转化后的序列和转化后的测序read进行比对；

根据最佳的比对结果鉴定出DNA甲基化位点。

7.根据权利要求1或6所述的分型方法，其特征在于，所述步骤5)计算包括：对每个DNA甲基化位点进行检测，获得该位点的支持甲基化的read数目和支持非甲基化的read数目，来计算甲基化支持率。

8.根据权利要求7所述的分型方法，其特征在于，所述计算的公式为：支持甲基化的read数目/(支持甲基化的read数目+支持非甲基化的read数目)。