[发明专利]基于微生物基因组二代测序数据的Venn图制作方法及系统

权利要求书

1.一种基于微生物基因组二代测序数据的Venn图制作方法，其特征在于，包括：

聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；

合并OTUs表数据中具有相同来源的标本；通过R语言命令代码将OTUs表数据中具有相同来源的标本进行合并；通过R语言命令代码将OTUs表数据中具有相同来源的标本进行合并的过程，包括：用R语言代码将纯文本格式的OTUs表数据中代表不同标本的列数据合并为不同分组数据；若分组后的OTUs表中的行数小于或等于预设值时，将OTUs表每个分组数据转换为相应的向量；否则，通过Excel表计算每个分组及相互之间交集的大小；

将合并后的OTUs表数据导入Excel表中，通过Excel函数生成可被R语言VennDiagram包所识别的向量；

通过R语言VennDiagram包绘制Venn图；

聚类微生物基因组二代测序数据之前，还包括：

从原始微生物基因组二代测序数据中提取barcode序列；

利用双向测序来识别所有barcode序列并组装成若干条完整的序列；对完整的序列赋予唯一编号和样品归属信息；

合并OTUs表数据中具有相同来源的标本之前，还包括：过滤掉丰度小于预设阈值的OUT；

若OTUs表中的任一OTU检出数目≤预设数值时，为判断OTU未检出，用数字“0”表示；否则，该OTU检出，用数字“1”表示。

2.一种基于微生物基因组二代测序数据的Venn图制作系统，包括微生物二代测序数据采集装置、处理器和显示装置，其特征在于，所述处理器，包括：

聚类模块，其被配置为聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；

合并模块，其被配置为合并OTUs表数据中具有相同来源的标本；

向量生成模块，其被配置为将合并后的OTUs表数据导入Excel表中，通过

Excel函数生成可被R语言VennDiagram包所识别的向量；

Venn图绘制模块，其被配置为通过R语言VennDiagram包绘制Venn图；

所述处理器，还包括：

预处理模块，其被配置为：

从原始微生物基因组二代测序数据中提取barcode序列；

利用双向测序来识别所有barcode序列并组装成若干条完整的序列；对完整的序列赋予唯一编号和样品归属信息；

所述处理器，还包括：

过滤模块，其被配置为：过滤掉丰度小于预设阈值的OUT；

在合并模块中，通过R语言命令代码将OTUs表数据中具有相同来源的标本进行合并，其过程，包括：

用R语言代码将纯文本格式的OTUs表数据中代表不同标本的列数据合并为不同分组数据；

若分组后的OTUs表中的行数小于或等于预设值时，将OTUs表每个分组数据转换为相应的向量；否则，通过Excel表计算每个分组及相互之间交集的大小；

若OTUs表中的任一OTU检出数目≤预设数值时，为判断该OTU未检出，用数字“0”表示；否则，该OTU检出，用数字“1”表示。