[发明专利]微生物二代测序数据的宏基因组分析方法及系统在审
| 申请号： | 201811339970.9 | 申请日： | 2018-11-12 |
| 公开（公告）号： | CN109741790A | 公开（公告）日： | 2019-05-10 |
| 发明（设计）人： | 徐强;尚河颖;张晓瑜;李莲莲;阴海鹏;刘红艳;刁玉涛;张之勇;俞勇 | 申请（专利权）人： | 山东省医学科学院基础医学研究所 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 济南圣达知识产权代理有限公司 37221 | 代理人： | 张庆骞 |
| 地址： | 250062 山*** | 国省代码： | 山东;37 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 测序数据 宏基因组分析 表数据 微生物 微生物基因组 标准化处理 宏基因组 微生物品种 丰度差异 输出图形 序列聚类 统计分析 映射 聚类 预设 基因 | ||
1.一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法，其特征在于，包括：
聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；
标准化处理OTUs表数据；
将标准化处理后的OTUs表数据映射到宏基因组功能；
统计分析不同宏基因组功能的基因丰度差异，并输出图形化分析结果。
2.如权利要求1所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法，其特征在于，聚类微生物基因组二代测序数据之前，还包括：
从原始微生物基因组二代测序数据中提取barcode序列；
利用双向测序来识别所有barcode序列并组装成若干条完整的序列；
对完整的序列赋予唯一编号和样品归属信息。
3.如权利要求1所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法，其特征在于，标准化处理OTUs表数据之前，还包括：
过滤掉丰度小于预设阈值的OUT。
4.如权利要求1所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法，其特征在于，在将标准化处理后的OTUs表数据映射到宏基因组功能的过程中，将每个标准化处理后的OTU丰度乘以各预测功能性状的丰度，从而产生宏基因功能表；其中，行代表基因功能，列代表微生物品种。
5.一种微生物二代测序数据的宏基因组分析系统，包括微生物二代测序数据采集装置、处理器和显示装置，其特征在于，所述处理器，包括：
聚类模块，其被配置为聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；
标准化模块，其被配置为标准化处理OTUs表数据；
映射模块，其被配置为将标准化处理后的OTUs表数据映射到宏基因组功能；
分析模块，其被配置为统计分析不同宏基因组功能的基因丰度差异，并输出图形化分析结果。
6.如权利要求5所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析系统，其特征在于，所述处理器，还包括：
预处理模块，其被配置为：
从原始微生物基因组二代测序数据中提取barcode序列；
利用双向测序来识别所有barcode序列并组装成若干条完整的序列；
对完整的序列赋予唯一编号和样品归属信息。
7.如权利要求5所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析系统，其特征在于，所述处理器，还包括：
过滤模块，其被配置为：过滤掉丰度小于预设阈值的OUT。
8.如权利要求5所述的一种微生物二代测序数据的宏基因组分析系统，其特征在于，所述映射模块，还被配置为：
将每个标准化处理后的OTU丰度乘以各预测功能性状的丰度，从而产生宏基因功能表；其中，行代表基因功能，列代表微生物品种。
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