[发明专利]检测HIV-1基因PR区和RT区基因突变的试剂盒及方法

说明书

本发明提供了一种检测HIV‑1基因PR区和RT区基因突变的试剂盒及方法，具体地，本发明公开了一种检测HIV患者血浆中的HIV‑1病毒pol基因PR区与RT区基因突变的方法、引物、及包括该引物混合液的试剂盒。本发明基于一代测序平台，具有同时检测突变位点多、准确度高、样本易获取等优点。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体地说，本发明涉及一种检测HIV-1病毒pol基因RT区以及PR区基因突变的试剂盒及方法。

背景技术

人类免疫缺陷病毒(HumanImmunodeficiencyVirus；abbr:HIV)，即艾滋病(AIDS，获得性免疫缺陷综合征)病毒，是造成人类免疫系统缺陷的一种病毒。截至2014年，全球约有3690万人感染HIV病毒，平均每天就有6000人中招，死于艾滋病的人数高达1200万。2016年1月相关报告显示，中国感染HIV病毒的总人数，已经超过100万大关。

HIV的治疗，目前HIV的一线治疗药物主要为蛋白酶抑制剂PIs，核苷类NRTI和非核苷类逆转录酶抑制剂NNRTI3类抗病毒药物组合治疗，大部分患者在治疗一段时间后会出现不同程度的耐药。主要是因为HIV是反转录病毒，其反转录酶在HIV复制时具有DNA复制能力但没有校正能力，使HIV有高度的遗传变异性。长时间用同一种药物治疗后，病毒复制过程中的高频突变和抗病毒药物产生的选择压力导致HIV-1病毒原发感染的几个月内就可形成大量的基因突变病毒，即准种。一旦突变发生在逆转录酶、蛋白酶主要编码基因序列，就可能引起此类酶分子发生结构和功能改变，从而导致HIV-1病毒对作用于这2种酶的抑制剂不再敏感，而产生耐药性。

HIV-1病毒pol基因编码聚合酶前体蛋白，经切割形成蛋白酶、整合酶、逆转录酶、核糖核酸酶H，均为病毒增殖所必需。当pol基因的PR区以及RT区发生突变的时候可能会导致蛋白酶和逆转录酶的结构发生改变，并因此改变HIV-1病毒对临床上的蛋白酶抑制剂PIs、核苷类NRTI和非核苷类逆转录酶抑制剂NNRTI这3类抗病毒药物的敏感性发生改变，可能会导致耐药的出现。因此，在HIV患者使用这3类药物治疗之前对HIV-1病毒pol基因的PR区以及RT区的基因突变型别进行检测和耐药分析有利于为HIV患者治疗药物的筛选提供参考，并可实时监测患者用药期间的耐药突变。

因此，本领域迫切需要开发能够有效同时检测HIV-1病毒pol基因PR区以及RT区多个位点基因突变的技术以满足临床需求。

发明内容

本发明的目的在于提供一种检测HIV-1病毒pol基因RT区以及PR区突变的试剂盒及方法。

本发明的第一方面，提供了一种用于检测HIV-1病毒pol基因PR区以及PT区突变的RT-PCR扩增引物对，所述RT-PCR扩增引物对包括：如SEQ ID NO.:1所示的RT-PCR上游引物；和，如SEQ ID NO.:2所示的RT-RCR下游引物。

本发明的第二方面，提供了一种用于检测HIV-1病毒pol基因PR区以及PT区突变的PCR扩增引物对，所述PCR扩增引物对包括：如SEQ ID NO.:3所示的PCR上游引物；和，如SEQID NO.:4所示的PCR下游引物。

本发明的第三方面，提供了一种用于检测HIV-1病毒pol基因PR区以及PT区突变的测序引物组，所述测序引物组包括选自下组的一种或多种测序引物：

测序引物Ⅰ：SEQ ID NO：5；

测序引物Ⅱ：SEQ ID NO：6；

测序引物Ⅲ：SEQ ID NO：7；

测序引物Ⅳ：SEQ ID NO：8；

测序引物Ⅴ：SEQ ID NO：9；和

测序引物Ⅵ：SEQ ID NO：10。