[发明专利]一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用

说明书

本发明提供了一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用，属于绵羊SNP分子标记技术领域，所述SNP位点位于绵羊第7号染色体上第69738971bp位点(NM_001174113.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1)，所述SNP位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔性状具有显著的相关性。通过对所述SNP位点进行分型即可预测待测绵羊多羔性状。本发明提供的检测绵羊所述SNP位点基因型的方法，灵敏度，准确性更高，性价比更高，可对所述SNP位点实现自动化检测，在绵羊育种过程中，可将具有多羔性状的TT纯合个体选留下来，对绵羊大规模分子育种具有潜在的应用价值。

技术领域

本发明属于绵羊SNP分子标记技术领域，尤其涉及一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用。

背景技术

大多数绵羊品种具有季节性繁殖特征，加上其本身具有低遗传力的产羔数性状，导致自然状态下羊只出栏数量较低。近年来，随着我国肉羊市场需求量加大，人们逐渐采用各种方法来提升肉羊生产效益，其中分子技术可以有效地提高绵羊遗传进展。因此，筛选与绵羊多羔数有关的主效基因或分子遗传标记已成为现代分子育种的热点。

SIX1基因位于绵羊7号染色体上，包含2个外显子，编码区总长1068bp，编码蛋白含355个氨基酸，该基因在人、牛、小鼠、猪、羊之间具有较高的同源性。组织差异性表达分析表明，SIX1基因在脊椎动物眼部表达并参与调控视网膜发育；此外，该基因表达于耳、肾、骨骼肌等组织中，在促进细胞增殖与分化、抑制凋亡等方面发挥相应作用。

目前关于SIX1基因序列多态性在国内外绵羊繁殖过程中的具体作用未见报道，尚未发现SIX1基因中存在与绵羊多羔形状相关的SNP位点。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记及其检测试剂盒和应用。

为了实现上述发明目的，本发明提供了一种与绵羊多羔性状相关的SNP分子标记，所述SNP位点位于绵羊第7号染色体上第69738971bp位点(NM_001174113.1)，所述位点位于绵羊SIX1基因内，所述位点上存在G/T碱基突变，与绵羊多羔性状具有显著的相关性，具有TT基因型的个体产羔数显著高于GG基因型的个体；所述SNP位点信息基于的绵羊基因组序列信息版本号为Oar_v3.1。

本发明提供了检测所述SNP位点的引物组，包括上游引物、下游引物和延伸引物；所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示；所述下游引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.2所示；

所述延伸引物的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示。

本发明提供了检测所述SNP位点的试剂盒，包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、MgCl₂、标准阳性模板DNA、PCR反应缓冲液和SAP酶，其特征在于，还包括所述的引物组。

优选的，所述引物组中上游引物和下游引物的使用浓度独立为0.45～0.55μmol/L；所述引物组中的延伸引物的浓度为0.6～1.3μmol/L。

本发明还提供了检测与所述绵羊多羔性状相关的SNP分子标记的方法，包括以下步骤：

1)提取待测绵羊的基因组DNA；

2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用所述引物组中的上游引物和下游引物进行PCR扩增反应获得PCR扩增产物；

3)用SAP酶对步骤2)中获得的PCR扩增产物进行消化获得消化后的产物；

4)以消化后的产物为模板，利用所述引物组中的延伸引物进行延伸反应获得延伸产物；

5)利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术分析延伸产物，确定所述SNP位点的基因型。