[发明专利]一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记开发及应用，开发设计四条分子标记引物，等量加入到同一PCR反应体系对不同水稻基因组DNA进行扩增，如果有486bp和390bp的两条特征条带，则表示所述样品为xa5基因纯合；如果有486bp和143bp的两条特征条带，则表示所述样品不含有xa5基因；如果同时存在486bp、390bp和143bp的三条特征条带，则表示所述样品为为xa5基因杂合。该四引物PCR分子标记为共显性标记，可以有效区分水稻抗白叶枯病基因xa5三种不同基因型，提高对该基因的选择效率，加速水稻抗白叶枯病改良育种的进程。

技术领域

本发明涉及生物分子标记及其应用技术，具体是一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记及其应用。

背景技术

白叶枯病是水稻的主要病害之一，导致水稻大幅度减产和产量不稳定，同时也影响稻米品质。实践证明，培育和种植抗病品种是控制这一病害的最经济有效的方法之一，而培育抗病品种的关键在于挖掘并利用优良的抗病基因资源。目前从不同资源的水稻中鉴定出的抗白叶枯病基因已有 42 个。xa5是已克隆的抗白叶枯病隐性基因，xa5基因序列在抗病品种IRBB5和感病品种日本晴中有两个碱基的差异（A116T和G117C），导致IRBB5中的第39位的缬氨酸在日本晴中变成谷氨酸，该氨基酸位点的差异引起抗病性的差异在其他抗病和感病品种中也存在，说明xa5基因型与抗病表型的相关性是保守的，同时xa5基因对细菌性条斑病也具有抗性。

白叶枯病抗性是典型的数量性状，受多基因控制，且易受环境影响。常规抗病育种中，抗病性鉴定结果不准确导致育种效率偏低。分子标记辅助选择是一种利用与抗性基因紧密连锁标记或者基因内功能标记，在后代中结合基因型和表型鉴定对目标性状进行选择的现代育种技术，该方法不仅可大大缩短育种年限，提高育种效率，而且还节约了大量的人力、物力成本。xa5基因不仅对水稻白叶枯病有抗性，同时对细菌性条斑病也具有一定的抗性，在水稻抗细菌性病害育种方面有很大的应用价值，开发xa5基因的特异性分子标记对充分利用该基因，进一步改良水稻白叶枯病抗性有着重要意义。

发明内容

本发明的目的在于提供一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记及其应用，以解决上述背景技术中提出的问题。

为实现上述目的，本发明提供如下技术方案：

一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记，其分子标记序列为：

正向外引物xa5-OUT F：5’- AGGTGACCATCCTCTTTCTTTCT -3’

反向外引物xa5-OUT R：5’- AGGCTTCCGTCATAGACTAATCA -3’

正向内引物xa5-IN F：5’- CTCGCCATTCAAGTTCTTCTC -3’

反向内引物xa5-IN R：5’- GGTAAAGTAGATACCTTATCAAACTCCT -3’。

作为本发明进一步的方案：一种水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记应用于水稻抗白叶枯病基因xa5种质资源鉴定和标记辅助选择育种。

作为本发明进一步的方案：一种水稻抗白叶枯病基因xa5的鉴定包括以下步骤：

i、提取供试水稻样品基因组DNA；

ii、利用所述水稻抗白叶枯病基因xa5特异性分子标记xa5-OUT F、xa5-OUT R、xa5-INF和xa5-IN R对步骤i中所提取基因组进行PCR扩增，获得扩增产物；