[发明专利]一种山羊MYLK4基因CNV标记的检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种山羊MYLK4基因CNV标记的检测方法及其应用。该方法基于实时荧光定量PCR，以山羊基因组DNA为模板，扩增山羊MYLK4基因的拷贝数变异区域，接着运用‑ΔΔCt计算并根据结果判定个体的拷贝数变异类型。本发明利用个体的CNV类型与生长性状进行关联分析。本发明所提供的检测方法为MYLK4基因拷贝数变异与山羊生长性状关系的建立奠定了理论基础，该方法简单快捷，便于推广使用，有利于加快建立种质资源优良的山羊种群。

技术领域

本发明属于遗传育种领域，具体涉及一种MYLK4基因拷贝数变异(CNV)标记的检测方法及其在提高山羊生长性状的分子育种中的应用。

背景技术

随着基因组学和生物信息学等相关学科的迅猛发展，动物遗传育种的理论和技术也发生了重大的变化，即逐渐由传统的常规表型选育转向分子选育。目前，分子育种的研究主要集中在标记辅助选择(molecular mark-assist selection,MAS)，该技术是通过DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

拷贝数变异(Copy Number Variations,CNVs)是指基因组中大于50bp到数Mb之间的片段插入、缺失复制和复杂的重组的现象。CNVs作为一种基因组亚显微水平结构变异类型，可以通过剂量效应、位置效应、阻断功能基因、融合基因、暴露隐性等位基因和潜在的跃迁效应来影响基因的功能以及个体的表型。在检测已知CNV的各种方法中，qPCR是使用比较广泛的一种技术。该方法操作简单、敏感性高、速度快。其在PCR中选取单拷贝的基因，作为内参基因，然后利用2-^ΔΔCt的方法判定个体的拷贝数变异类型以及相对拷贝数。

MYLK4基因作为MYLK家族中的重要成员，依赖于Ca²⁺/钙调蛋白(CaM)的调节，能够有选择性地和非共价地与ATP相互作用，发生蛋白质磷酸化，即使肌球蛋白调节性轻链(myosin regulatory light chain,RLC)磷酸化，RLC的磷酸化可提高肌球蛋白ATPase活性，进而调控基于肌动蛋白与肌球蛋白之间的相互作用和细胞骨架活动，引起收缩活性，因此，MYLK4在肌肉收缩、细胞运动、损伤修复、细胞凋亡、分泌活动、上皮细胞通透性改变、细胞内信号转递和血小板形态的改变等方面起着重要的作用。目前相关研究表明，MYLK4与心力衰竭、小肠蠕动失弛缓症、肉牛的生长发育等病理、生理有着密切的联系。关于MYLK4基因的功能，根据在人和小鼠上所做的研究，发现其对细胞生长的调控以及疾病发作上有重要影响，但在山羊上的报道较少。

发明内容

本发明的目的在于提供一种山羊MYLK4基因CNV标记的检测方法及其应用。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种检测山羊MYLK4基因CNV标记的方法，包括以下步骤：以提取自待测山羊(例如，努比亚山羊和黑山羊)的耳组织的全基因组DNA为模板，以引物对P1和P2分别通过实时荧光定量PCR(qPCR)技术扩增山羊MYLK4基因的拷贝数变异区域和山羊MC1R基因的部分片段，其中基于引物对P2的扩增在定量中起对照作用，然后根据定量结果鉴定山羊MYLK4基因的拷贝数变异类型。

优选的，所述的CNV标记位于MYLK4基因候选区域Chr23：1453501-1455500(参考序列：NC_030830.1)的拷贝数变异区域。

优选的，根据Log2 2^-ΔΔCt(即-ΔΔCt)将拷贝数变异类型分为：插入型，Log2 2^-ΔΔCt0.5；缺失型，Log2 2^-ΔΔCt-0.5；或正常型，Log2 2^-ΔΔCt≤|±0.5|。

优选的，所述的引物对P1为：