[发明专利]一种DNA信息存储编码方法有效
申请号: | 201811445344.8 | 申请日: | 2018-11-29 |
公开(公告)号: | CN109979540B | 公开(公告)日: | 2023-05-05 |
发明(设计)人: | 张淑芳;宋香明;张子昱 | 申请(专利权)人: | 天津大学 |
主分类号: | G16B50/00 | 分类号: | G16B50/00;H03M13/03 |
代理公司: | 天津市北洋有限责任专利代理事务所 12201 | 代理人: | 李素兰 |
地址: | 300072*** | 国省代码: | 天津;12 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 一种 dna 信息 存储 编码 方法 | ||
1.一种DNA信息存储编码方法,其特征在于,该方法包括以下步骤:
步骤一:选定待存储目标DNA信息文件,并获取其二进制数据码流:
步骤二:扫描二进制码流获取信源符号及其出现概率,即:将转换获得的二进制码流按照i位一组进行扫描读取,以每i位二进制作为一个信源符号,其中i为扫描位数,统计各信源符号出现频次并计算其出现概率,将所得包含i位二进制数据的信源符号及其概率作为输入,使用四进制哈夫曼编码对码流中固定长度的二进制数据串进行编码;
步骤三:进行四进制哈夫曼DNA编码,该步骤具体包括以下处理:
步骤(11)、对于输入的信源符号进行扫描计数,确定各符号的出现频次与概率,用以确定各信源符号权重,统计码元符号种类数n,根据公式(2)要求添加t个虚拟信源符号,并将其概率设定为0;信源符号种类数n与码元进制数r之间满足如下关系:
n=(r-1)k+r(1)
其中,k为编码过程的缩减次数,为正整数;
若不能满足该关系,则应在信源符号队列中增添t个概率为0的虚拟符号,即满足:
n+t=(r-1)k+r(2)
步骤(12)、对添加的t个虚拟信源符号和信源符号进行排序,按照出现概率大小递增或递减顺序排序;
步骤(13)、分别为出现概率最低的r个信源符号分配码元0、码元1、码元2、…、码元r-1,
再将该r个信源符号对应概率相加,作为新的符号概率,与其余信源符号重新参与排序,该过程亦被称为一次缩减;
步骤(14)、对新的排序结果重复进行步骤(13)的操作;
步骤(15)、重复上述过程,直到所有信源符号均分配到了相应码元;
步骤(16)、从最后一级开始,逐级向前记录各信源符号分配所得码元内容,最终获得各信源符号的编码码字,添加的t个虚拟信源符号及其编码结果舍弃。
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