[发明专利]一种鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法及应用

说明书

本发明涉及鸡的分子遗传学研究领域，具体涉及一种鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法及应用。本发明主要对鸡SRMP2基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因参考基因组序列(Chromosome Z,NC_006127.5)的拷贝数进行检测，利用拷贝数情况估测体尺性状，用于标记辅助选育，所述CNV标记拷贝数越高，该鸡的胸角及胸宽越低。本发明的方法，不受个体年龄、性别等限制，可应用于育种中公母鸡的早期选育，对鸡的胸角、胸宽优势品种进行选育，可加快地方鸡种的种质资源改良。

技术领域

本发明涉及鸡的分子遗传学研究领域，具体涉及一种鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法及应用。

背景技术

鸡的体尺体重等性状主要通过表型选育方法进行改良，表型选育常规方法难以在短时间内达到预期目标。分子标记辅助选择技术是借助与表型性状显著关联的分子标记，对遗传资源或育种材料进行选择，可对鸡的体尺体重性状进行遗传改良，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，加快选择遗传进展。

分子标记与基因组变异有关，包括单核苷酸突变、多核苷酸突变和染色体结构变异等。拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是基因组中重要的结构变异形式，是指基因组DNA中较大片段的重复或缺失，包括拷贝数的增加或减少，它通过剂量效益、位置效应、基因融合、基因阻断等机制影响基因和表型，在畜禽中已经发现了一些与畜禽性状显著相关的CNVs，可从拷贝数变异角度探寻影响地方鸡体尺性状的CNVs标记，将CNVs作为一个分子标记应用于体尺外貌性状的分子选育。CNV拷贝数的检测方法包括荧光定量PCR、芯片检测以及重测序等方法，对于多个基因的拷贝数检测，与测序相结合的多重拷贝数检测方法更为快捷和准确。

SRMP2基因的英文全称是serine/arginine repetitive matrix protein 2，中文全称是丝氨酸/精氨酸重复基质蛋白，MHRP2B基因的英文全称是maestro heat-likerepeat-containing protein family member 2B，中文全称是类热重复蛋白家族成员2B,MH7基因的英文全称是maestro heat-like repeat-containing protein family member7，中文全称是类热重复蛋白家族成员7，到目前为止，尚未见到上述基因功能或序列变异与鸡体尺体重性状关联的报道。

因此，寻找一种通过分子标记辅助选择技术对鸡的体尺体重性状进行遗传改良，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，加快选择遗传进展的方法是当务之急。

发明内容

为了解决现有技术中存在的上述技术问题，本发明提供鸡体尺性状CNV标记辅助选育多基因检测方法及应用，具体是通过以下技术方案得以实现的：

一种用于检测鸡胸角、胸宽性状的分子标记组合，其为CNV1、CNV2和CNV3，这三个分子标记分别是鸡SRMP2基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.4)、MHRP2B基因参考基因组序列(Chromosome 1,NC_006088.5)、MH7基因参考基因组序列(Chromosome Z,NC_006127.5)。该分子标记组合可以应用在鸡育种中，以挑选在胸角、胸宽方面具有优势的品种。

一种用于检测鸡胸角、胸宽性状的引物组合，其目标基因引物对为P1(F1、R1)、P2(F2、R2)和P3(F3、R3)引物，其核苷酸序列如下：

所述的引物对P1为：

上游引物F1:AACCTGCTCAGCTTTTCCTGACC

下游引物R1：CTGCTCTGGAGGATCCCAAAGT

所述的引物对P2为：