[发明专利]癌症特异的共调网络建立方法及装置

说明书

本发明提供了一种癌症特异的共调网络建立方法及装置，属于癌症调控网络建立技术领域。所述方法包括：根据公开数据库获得TF和miRNA对靶基因的TF调控信息和miRNA调控信息；根据TF调控信息和miRNA调控信息建立三元调控网络；识别所述三元调控网络中的FFLs，获得FFLs识别结果；根据FFLs识别结果和癌症基因组表达量信息，筛选得到癌症特异的miRNA‑TF共调网络。本发明建立了TF，miRNA和靶基因的三元调控网络，并结合基因表达信息，获得miRNA‑TF共调网络，提高了miRNA‑TF共调控关系的准确性。

技术领域

本发明涉及癌症调控网络建立领域，尤其是涉及一种癌症特异的共调网络建立方法及装置。

背景技术

转录因子(TF)和microRNAs(miRNA)是基因表达调控中具有重要作用的调控因子。越来越多的证据表明，TF和miRNA能够协同工作，它们的失调与包括癌症在内的许多疾病有关。而现有的对miRNA-TF共调控关系的研究缺乏对疾病(如癌症)的具体分析，且缺乏与基因表达数据的结合，miRNA-TF共调控关系结论的准确性还有待提高。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种癌症特异的共调网络建立方法及装置，建立了TF，miRNA和靶基因的三元调控网络，并结合基因表达信息，获得miRNA-TF共调网络，提高了miRNA-TF共调控关系的准确性。

第一方面，本发明提供了一种癌症特异的共调网络建立方法，包括：

根据公开数据库获得TF和miRNA对靶基因的TF调控信息和miRNA调控信息；

根据TF调控信息和miRNA调控信息建立三元调控网络；

识别所述三元调控网络中的FFLs，获得FFLs识别结果；

根据FFLs识别结果和癌症基因组表达量信息，筛选得到癌症特异的miRNA-TF共调网络。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第一种可能的实施方式，其中，所述TF调控信息包括TF-miRNA调控信息和TF-mRNA调控信息。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第二种可能的实施方式，其中，所述miRNA调控信息包括miRNA-TF调控信息和miRNA-mRNA调控信息。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第三种可能的实施方式，其中，所述FFLs是miRNA和TF共同调控靶基因的形式，包括TF-FFLs、miRNA-FFLs和复合FFLs三种类型；

所述TF-FFLs中，TF是主要调控者；

所述miRNA-FFLs中，miRNA是主要调控者；

所述复合FFLs中，miRNA和TF相互调节，所述复合FFLs由所述TF-FFLs和miRNA-FFLs结合形成。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第四种可能的实施方式，其中，所述识别所述三元调控网络中的FFLs，获得FFLs识别结果，具体包括：

根据网络模体挖掘算法在所述三元调控网络中识别FFLs，获得FFLs识别结果。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第五种可能的实施方式，其中，所述癌症基因组表达信息包括mRNA表达量信息和miRNA表达量信息。

结合第一方面，本发明实施例提供了第一方面的第六种可能的实施方式，其中，所述根据FFLs识别结果和癌症基因组表达量信息，筛选得到癌症特异的miRNA-TF共调网络，具体包括：