[发明专利]用于质子泵抑制药代谢和耐药基因SNP检测的核苷酸组合

说明书

本发明公开了一组用于质子泵抑制药代谢和耐药基因SNP检测的核苷酸组合。本发明还提供了使用所述核苷酸组合检测质子泵抑制药代谢相关基因CYP2C19和耐药相关基因MDR1的SNP荧光原位杂交测序检测方法，所述方法包括提取待测样本的DNA，并以DNA为模板进行单链化衍生，然后同时加入不同荧光标记的第一测序探针和第二测序探针与单链化衍生物进行杂交，最后对杂交结果进行判读。该方法精准性高，稳定性好，快速，安全，易自动化操作。所述方法可在一个单链化衍生和杂交反应循环中完成对单核苷酸多态性的精准分型，从而了解受试者的基因型，达到对危险因素引起疾病的预防及临床上个体化用药的指导。

技术领域

本发明公开了一组核苷酸组合，属于分子遗传学领域。

背景技术

随着医药科学发展的不断进步，全世界每年有很多的药物出现，因不良反应太大而在药物研究中被淘汰。虽然药物的效果和不良反应与人种及个体差异有关，但人与人之间基因组序列的遗传差异是药物疗效和不良反应的重要原因。单核苷酸多态性(SingleNucleotide Polymorphisms；SNP)就是人与人之间1个碱基之间的差异，基因组序列差异有好几种，SNP仅是最常见最普通的一种，在临床上意义重大。

SNP是由单个碱基改变而引起的DNA序列的多态性。包括单碱基的转换，颠倒以及单碱基的插入或者缺失等。SNP在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态性位点，是继微卫星之后的第三代遗传标记，有些SNP位点还会影响基因的功能，从而导致生物性状改变甚至致病。 SNP是人类可遗传的变异种最常见的一种，占所有已知多态性的90％以上，目前dbSNP已经收录了约500万个已验证的人类SNP数据。

在遗传学分析中,SNP作为一类遗传标记得以广泛应用,主要源于这几个特点:

(1)密度高SNP在人类基因组的平均密度估计为1/1000bp,在整个基因组的分布达3×10⁶个,遗传距离为2～3cM,密度比微卫星标记更高,可以在任何一个待研究基因的内部或附近提供一系列标记；

(2)富有代表性某些位于基因内部的SNP有可能直接影响蛋白质结构或表达水平,因此,它们可能代表疾病遗传机理中的某些作用因素；

(3)遗传稳定性与微卫星等重复序列多态性标记相比,SNP具有更高的遗传稳定性。

(4)易实现分析的自动化SNP标记在人群中只有两种等位型(allele)。这样在检测时只需一个“+\-”或“全\无”的方式，而无须像检测限制性片段长度多态性，微卫星那样对片段的长度做出测量，这使得基于SNP的检测分析方法易实现自动化。

SNP不仅可以为药物研发的源头上提供重要的靶标信息，也能够为治疗终端的个体化给药方案提供指导意见，以最大限度提供药物疗效和降低药物应用中产生的毒副反应，其重要意义体现于：

(1)提高新药筛选的准确性：最近研究表明，通过测定不同人群组之间的 SNP，可有效地寻找新药的目标分子。由于患者间的SNP差异，SNP的研究结果可以用于降低已知药物和临床试验药物的不良反应，并提高其疗效。也可以挽救因不良反应大而被淘汰的优良药物，只要找出与其相关联的SNP就可以作为有效药物用于临床。因为药物之间相互影响或改变各自的代谢途径，从而产生协同作用而提高药效，也可根据SNP选择患者进行临床试验，提高临床研究质量，增强新药成功率，而且从疾患基因的SNP出发，研究开发目标药物是很理想的。