[发明专利]镉胁迫条件下毛白杨中的一种差异表达的NACs转录因子及其获取方法

权利要求书

1.镉胁迫条件下毛白杨中的一种差异表达的NACs转录因子的获取方法，由如下步骤组成：

1)将毛白杨进行镉胁迫处理后，获取镉胁迫条件下毛白杨中差异表达的候选NACs转录因子；

所述镉胁迫处理的方法为将毛白杨幼苗的根部放入20mg/L的氯化镉水溶液中浸泡6h；

所述步骤1)中，获取镉胁迫条件下毛白杨中的差异表达的候选NACs转录因子的方法，包括以下步骤：

I.提取镉胁迫处理后的毛白杨叶片的总RNA，将所述总RNA进行转录组分析，得到转录组数据；

II.将所述步骤I的转录组数据与未进行镉处理的毛白杨的转录组数据进行对比，获得差异表达的基因，并对差异表达的基因进行功能注释和富集分析，选择差异表达基因中含有NAC功能域的转录因子为差异表达的候选NACs转录因子；

2)对镉胁迫处理后的毛白杨进行基因组测序，将得到的基因组序列与毛白杨种质资源库的基因进行比对，得到镉胁迫处理后的毛白杨的基因组SNP数据，然后根据所述差异表达的候选NACs转录因子在基因组中的位置信息获取所述步骤1)的差异表达的候选NACs转录因子的SNP位点；

所述步骤2)中，得到基因组SNP数据后，还包括将得到的基因组SNP数据进一步筛选，删除单个基因型所对应的个体数有限的SNP数据，筛选最小等位频率在5％以上，缺失数据在20％以内的SNP位点，获得高质量SNP数据，然后根据所述差异表达的候选NACs转录因子在基因组中的位置信息获取差异表达的候选NACs转录因子的SNP位点；

3)测定与生长和光合作用相关的群体表现型性状的数据；

所述与生长和光合作用相关的群体表型性状由树高、胸径、材积、净光合速率、气孔导度、蒸腾速率、胞间二氧化碳浓度、丙二醛含量和总蛋白含量组成；

4)将所述步骤2)的差异表达的候选NACs转录因子的SNP位点和所述步骤3)的与生长和光合作用相关的群体表型性状进行关联分析，得到与上述性状显著关联的SNPs位点，根据与性状显著关联的SNPs位点筛选出与各性状显著关联的候选NACs转录因子，选择其中与性状显著关联个数最多的为NACs转录因子；

所述步骤4)中筛选出与各性状显著关联的候选NACs转录因子后，还包括将所述步骤2)的基因组SNP数据和所述步骤3)的群体表型数据进行上位性模式检测，构建候选NACs转录因子中两两转录因子间的相互作用关系网络，根据相互作用关系网络筛选出有上位性互作效应的候选NACs转录因子，选择其中上位互作效应最高的候选NACs转录因子为NACs转录因子；

所述步骤4)中筛选出与各性状显著关联的候选NACs转录因子的方法包括如下步骤：

(1)将所述步骤2)的差异表达的候选NACs转录因子的SNP位点和所述步骤3)的与生长和光合作用相关的群体表型性状进行关联分析后的数据进行FDR检验，选择FDR＜0.1的SNP位点作为显著关联位点；

(2)将所述步骤(1)的显著关联位点建立NACs转录因子与性状的关联网络，根据网络结构筛选出与各性状显著关联的候选NACs转录因子。

所述步骤2)与3)没有时间顺序的限定；

所述差异表达的NACs转录因子如SEQ ID No.1所示的核苷酸序列。