[发明专利]一种基于timeout基因鉴定二化螟水稻种群和茭白种群的方法

权利要求书

1.一种基于timeout基因鉴定二化螟水稻种群和茭白种群的方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：

步骤1、提取二化螟水稻种群和茭白种群总RNA，将RNA反转录成cDNA，根据目标基因timeout设计正向引物和反向引物进行PCR扩增；

步骤2、琼脂糖凝胶电泳，回收PCR 扩增片段，测序；

步骤3、序列比对、分析，鉴定记录单核苷酸多态性位点；其中，所述目标基因timeout在二化螟寄主种群中有7个SNP位点，其中7个SNP位点分别位于PCR 扩增片段第109bp、121bp、128bp、196bp、214bp、269bp、293bp处；

所述步骤1中正向引物的序列如SEQ ID NO：1所示；反向引物的序列如SEQ ID NO：2所示；所述二化螟水稻种群的timeout基因扩增片段的核苷酸序列如SEQ ID NO：3所示，二化螟茭白种群的timeout基因扩增片段的核苷酸序列如SEQ ID NO：4所示。

2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤1中PCR扩增的反应条件如下：循环前95℃预变性5 min，每个循环包括95℃变性30 s，56.5℃退火30 s，72℃延伸2 min，共设34个循环，循环结束后于72℃延伸10 min。

3.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述目标基因timeout通过高通量转录组测序对种群进行筛选得到。