[发明专利]合成DNA纳米球互补链的方法和测序方法

说明书

一种合成DNA纳米球互补链的方法和测序方法，其中合成DNA纳米球互补链的方法包括：使用酶处理DNA纳米球的一链测序后的产物，其中一链测序的引物上有修饰，酶处理后，修饰被酶破坏使得引物被消化；使用多重置换扩增引物与上一步的产物进行杂交，其中多重置换扩增引物至少包括第一引物，该第一引物与一链测序的引物结合区域全部或部分互补；和在具有链置换功能的聚合酶作用下，以多重置换扩增引物和一链为引物，进行链置换反应生成DNA纳米球的互补链。本发明的方法在MDA之前，将占位的一链引物除去，空出位置来进行MDA引物杂交，因此增加了杂交引物量，从而增加DNB拷贝数。

技术领域

本发明涉及测序技术领域，具体涉及一种合成DNA纳米球互补链的方法和测序方法。

背景技术

多重置换扩增(MDA)技术广泛用于全基因组扩增，是目前对整个基因组覆盖最广、各位点扩增偏倚最小的全基因组扩增方法。目前，该方法也被用于高通量测序领域，基于MDA原理进行DNA纳米球(DNB)互补链生成(Rongqin Ke,et.al.,US20160237488 A1)来实现对DNB双末端的测序。

DNB在进行双末端测序中，完成第一链的测序后，需要将它的互补链产生出来，再对其互补链进行测序。因此，互补链产生得好坏对测序质量的影响很大。如图1所示，现有的方法是利用一链的测序链及新杂交上的标签(Barcode)引物进行互补链生成，而一链经过长循环(cycle)测序后，一链测序引物已经占位，故MDA引物只有一条(即Barcode引物)可以充分杂交到接头上，另一条引物很难杂交上去，在进行MDA时只有两条引物(即Barcode引物和一链测序链)进行扩增，且测序链引物的置换效率会偏低，影响DNB拷贝数，从而使测序信号较低。此外，一链经过长循环(cycle)测序后，一些测序酶结合在测序链上并且带荧光阻断的dNTP切除后残留的疤痕(scar)都会影响Phi29DNA聚合酶的置换效果，从而影响DNB的拷贝数，使荧光信号偏低，同时也会影响测序质量。

发明内容

本发明提供一种合成DNA纳米球互补链的方法和测序方法，该方法在MDA之前，将占位的一链引物除去，空出位置来进行MDA引物杂交，因此增加了杂交引物量，从而增加DNB拷贝数。

根据第一方面，一种实施例中提供一种合成DNA纳米球互补链的方法，包括：

使用酶处理DNA纳米球的一链测序后的产物，其中上述一链测序的引物上有修饰，上述酶处理后，上述修饰被上述酶破坏使得上述引物被消化；

使用多重置换扩增引物与上一步的产物进行杂交，其中上述多重置换扩增引物至少包括第一引物，该第一引物与上述一链测序的引物结合区域全部或部分互补；和

在具有链置换功能的聚合酶作用下，以上述多重置换扩增引物和上述一链为引物，进行链置换反应生成上述DNA纳米球的互补链。

在优选实施例中，上述多重置换扩增引物包括上述第一引物和第二引物，其中上述第二引物在上述DNA纳米球上的结合区域与上述第一引物的结合区域之间具有一段标签序列，该标签序列用于区分上述DNA纳米球的不同样本来源和/或分子来源。

在优选实施例中，上述一链测序引物的修饰为尿嘧啶碱基修饰，上述酶为USER酶。

在优选实施例中，上述尿嘧啶碱基被上述USER酶消化后，对上述USER酶处理后的产物进行变性处理，并冲洗去除上述断裂的引物。

在优选实施例中，上述一链测序的引物上的尿嘧啶碱基的数量等于或小于与其结合的模板区域的腺嘌呤碱基的数量，优选等于与其结合的模板区域的腺嘌呤碱基的数量。

在优选实施例中，上述一链测序的引物上邻近的两个尿嘧啶碱基之间的距离是1至20个碱基，优选5-20个碱基。

在优选实施例中，上述变性处理是热变性；优选地，上述热变性温度是50℃至70℃，优选55℃至60℃。