[发明专利]一种宏基因组整合子和移动元件的分析方法在审
| 申请号： | 201811505402.1 | 申请日： | 2018-12-10 |
| 公开（公告）号： | CN109903810A | 公开（公告）日： | 2019-06-18 |
| 发明（设计）人： | 杨洋;薛正晟;孙子奎 | 申请（专利权）人： | 上海派森诺生物科技股份有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/00 | 分类号： | G16B20/00;G16B50/00 |
| 代理公司： | 上海天翔知识产权代理有限公司 31224 | 代理人： | 吕伴 |
| 地址： | 200030 上海市*** | 国省代码： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 分析流程 宏基因组 移动元件 注释结果 整合子 构建 数据库步骤 数据整理 信息完整 用户使用 在线提交 数据集 速度比 序列量 数据库 分析 分类 | ||
【权利要求书】：
1.一种宏基因组整合子和移动元件的分析方法，其特征在于，包括如下步骤：
第一步：从分析整合子和移动原件的网站上下载所对应的数据；
第二步：将下载好的数据使用序列比对软件blast软件中makeblastdb建立对应blast的数据库；
第三步：将输入的基因序列与上一步建立好的数据库使用序列比对软件blast中的blastn进行比对；使用的比对的方法为blastn，evalue必须小于1e-5，比对的相似度要大于60％；
第四步：使用linux的中网络工具curl，对网站http://integrall.bio.ua.pt进行注释信息的采集工作，这一步花费的时间较大，需要耐心等待；
第五步：将第三步注释到结果与第四步的信息，使用awk软件进行整合，最后得到整合子和移动原件的注释结果。
2.如权利要求1所述的一种宏基因组整合子和移动元件的分析方法，其特征在于，所述步骤四的注释信息采集具体为：
使用linux的网络工具curl，首先对整合子网址http://integrall.bio.ua.pt/？list进行访问，并使用命令：
seq 50 50 10000|xargs-i-P 10curl-L
http://integrall.bio.ua.pt/？list&s＝{}&ob＝org，采用并发式访问提取信息。
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