[发明专利]一种基于R软件的微生物组差异显著性分析及作图方法

说明书

本发明公开了一种基于R软件的微生物组差异显著性分析及作图方法，包括如下步骤：数据输入步骤：接收用户输入的测试数据；测试步骤：根据需要，选择测试方法；不同的检验采用不同的函数执行；绘图步骤：输出文本测试结果，根据测试数据输出图片；添加注释步骤：对测试结果中不符合假设(平均值不同)的变量进行标注。本发明的有益效果在于：结果更加全面易懂，测试方法更全面，分析更加准确。

技术领域

本发明涉及生物信息学领域，具体涉及一种基于R软件的微生物组差异显著性分析及作图方法。

背景技术

显著性检验就是事先对总体的参数或总体分布形式作出一个假设，然后利用样本信息来判断这个假设是否合理，即判断总体的真实情况与原假设是否存在显著差异。

R是一种用于统计计算和绘图的语言和环境。R提供各种统计(线性和非线性建模，经典统计测试，时间序列分析，分类，聚类......)和绘图的方法，并且具有高度可扩展性。

R的优势之一是可以轻松制作出精心设计的出版品质图片，包括数学符号和公式。它可以在各种UNIX平台和类似系统(包括FreeBSD和Linux)，Windows 和MacOS上编译和运行。

从技术上讲，R是一种语法非常简单的表达式语言。基本命令由表达式或赋值组成。如果表达式作为命令给出，则对其进行评估，打印，否则该值将丢失。赋值还会计算表达式并将值传递给变量，但不会自动打印结果。

而现有的分析方法所存在的缺陷是：

(1)结果展示单一：现有的很多基于R的绘图工具，不支持在绘图中添加显著性注释，无法进行相应的展示。

(2)测试方法单一：现有的整合了统计、绘图的工具只提供了单一的测试方法，忽视了样本分布及样本量的影响。

(3)没有考虑多重比较：目前分析流程在判断多组间显著性差异时没有进行多重比较，不能具体说明哪几组均值之间有显著差异。

发明内容

为了克服现有技术所存在的上述缺陷，本发明的目的在于提供一种基于R 软件的微生物组差异显著性分析及作图方法。

为了实现本发明的目的之一，所采用的技术方案是：

一种基于R软件的微生物组差异显著性分析及作图方法，包括如下步骤：

数据输入步骤：接收用户输入的测试数据；

测试步骤：根据需要，选择测试方法，所述的测试方法包括方差分析 (ANOVA)、t检验、Kruskal-Wallis检验、Wilcoxon检验(非参数方法)；其中，所述的方差分析(ANOVA)、t检验是针对正态假设的稳健检验；所述的Kruskal-Wallis检验、Wilcoxon检验(非参数方法)是当违反方差同质性假设时使用；所述的t检验、Wilcoxon检验用于比较两个群体的平均值；所述的方差分析、Kruskal-Wallis检验用于比较两个以上群体间的平均值；

其中方差检验通过stats包aov函数执行，随后通过stats包TukeyHSD函数执行两两比较；

T检验通过stats包t.test函数执行；

Kruskal-Wallis检验通过stats包kruskal.test函数执行，随后通过PMCMR 包posthoc.kruskal.conover.test函数执行两两比较；

Wilcoxon检验通过stats包wilcox.test函数执行；

绘图步骤：输出文本测试结果，根据测试数据输出图片；

添加注释步骤：对测试结果结果中不符合假设(平均值不同)的变量进行标注。