[发明专利]在胸水荧光图像中分割细胞的方法和装置在审
申请号: | 201811546952.8 | 申请日: | 2018-12-18 |
公开(公告)号: | CN109801303A | 公开(公告)日: | 2019-05-24 |
发明(设计)人: | 徐子能;白海龙;丁鹏 | 申请(专利权)人: | 北京羽医甘蓝信息技术有限公司 |
主分类号: | G06T7/136 | 分类号: | G06T7/136 |
代理公司: | 暂无信息 | 代理人: | 暂无信息 |
地址: | 100190 北京市海*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 数据集 局部图像 分割结果 分割 算法 细胞荧光图像 筛选 灰度阈值分割 方法和装置 分水岭分割 曲率 细胞 尺寸条件 结果数据 数据集合 细胞分割 荧光图像 阈值分割 自适应 胸水 输出 | ||
1.一种在细胞荧光图像中分割细胞的方法,其特征在于,包括:
A:对细胞荧光图像进行整图级别的、基于自适应阈值分割算法的初级分割;
B:在初级分割结果中进行关于尺寸条件和曲率条件的第一筛选,得到初级确定数据集、初级待定数据集;
C:对所述初级待定数据集对应的局部图像进行局部图像级别的、基于灰度阈值分割算法的二次分割;
D:在二级分割结果中进行关于尺寸条件和曲率条件的第二筛选,得到二级确定数据集、二级待定数据集;
E:在所述二级待定数据集对应的局部图像中进行局部图像级别的、基于分水岭分割算法的三次分割;
F:对三次分割结果中进行关于尺寸条件和曲率条件的第三筛选,得到三级确定数据集;
G:将所述初级确定数据集、所述二级确定数据集和所述三级确定数据集合并,以得到细胞分割结果数据集然后输出。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在所述步骤A之前还包括:对所述细胞荧光图像进行中值滤波处理和对比度受限直方图均衡化处理。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,步骤A中自适应阈值分割算法涉及两个参数:窗口尺寸block_size和偏值offset,
当所述细胞荧光图像为细胞荧光APC通道图像时,block_size取值65,offset取值-33;
当所述细胞荧光图像为细胞荧光PE通道图像时,block_size取值51,offset取值-33;
所述细胞荧光图像为细胞荧光FITC通道图像时,block_size取值111,offset取值-35。
4.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述步骤C包括:
对所述初级待定数据集中的细胞,首先根据该细胞对应的初级分割mask生成一个贴合矩形框,然后将贴合矩形框沿四周延展预设扩展宽度得到扩展矩形框;
利用所述扩展矩形框在细胞荧光图像IMG以及初级分割结果mask上裁剪出小块图像img和msk_local,并且用扩展矩形框从1-(MASK-mask)上裁剪出mask2,然后计算img*msk2以得到细胞局部图像img_local;
对所述细胞局部图像img_local进行基于灰度阈值分割,灰度阈值按如下公式计算:threshold=mean+k*std,其中mean表示img_local的灰度均值,std表示img_local的灰度标准差,k为预设系数。
5.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,
所述进行关于尺寸条件和曲率条件的第一筛选为:若细胞的尺寸小于细胞最小尺寸,则舍弃该细胞;若细胞的尺寸大于细胞最小尺寸并且小于细胞最大尺寸并且曲率值小于曲率阈值,则将该细胞放入所述初级确定数据集;其他情况,则将细胞放入所述初级待定数据集;
所述进行关于尺寸条件和曲率条件的第二筛选为:若细胞的尺寸大于细胞最小尺寸并且小于细胞最大尺寸并且曲率值小于曲率阈值,则将该细胞放入所述二级确定数据集;其他情况,则将细胞放入所述二级待定数据集;
所述进行关于尺寸条件和曲率条件的第三筛选为:若细胞的尺寸大于细胞最小尺寸并且小于细胞最大尺寸并且曲率值小于曲率阈值,则将该细胞放入所述三级确定数据集。
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