[发明专利]一种高通量筛选植物基因组差异等位表达的基因的方法

权利要求书

1.一种高通量筛选杨树基因组等位不平衡表达的杂合变异位点的方法，包括以下步骤：

1)外源调控因素处理杨树材料获得处理样品，未进行外源调控因素处理的样品为对照样品；

2)提取步骤1)中所述处理样品和对照样品的总RNA，构建处理样品和对照样品的链特异性测序文库；用Illumina Hiseq2500对所述处理样品和对照样品的链特异性测序文库进行高通量测序获得处理样品和对照样品的原始测序数据；

3)过滤所述处理样品和对照样品的原始测序数据获得处理样品和对照样品的cleanreads；

4)将所述处理样品和对照样品的cleanreads分别与参考基因组进行比对获得处理样品比对结果与对照样品比对结果；

5)分别删除处理样品比对结果和对照样品比对结果中由PCR扩增所形成相同的多余复制读段，然后将出现INDEL位点上游250bp和下游250bp与参考基因组进行重新比对获得处理样品和对照样品的最终比对结果数据；

6)将所述处理样品和对照样品的最终比对结果数据进行等位位点变异筛选，筛选处理样品与对照样品中基因型相同、表达量不同的杂合位点，获得等位不平衡表达的杂合变异位点。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述外源调控因素包括外源激素和环境胁迫。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述环境胁迫包括干旱、盐碱、冷冻和洪涝。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中过滤所述处理样品和对照样品的原始测序数据采用fastx(version:0.0.13)进行。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤6)中所述等位位点变异筛选采用SNPcalling进行。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤6)获得等位不平衡表达的杂合变异位点后还包括对所述不平衡表达的杂合变异位点进行基因组上的注释，挖掘所述不平衡表达的杂合变异位点所在基因或基因组元件的等位特异性表达模式。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述参考基因组为Populus trichocarpav3.0Poplar。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤2)中所述高通量测序为双端测序，所述高通量测序的读长为100nt。