[发明专利]对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法

说明书

本发明公开了一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法。其中，该探针是以目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置作为3’末端的具有检测标记的引物探针。应用本发明的技术方案，采用引物扩增延伸的原理，利用引物延伸对序列尤其是3’末端序列的特异性要求大于杂交捕获中碱基互补配对对序列的特异性要求，以目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内相对特异位置作为引物特异性要求最高的3’末端，设计具有检测标记的引物探针作为捕获探针，结合传统液相杂交捕获体系，特异性地提高基因重复区域的捕获效率。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体而言，涉及一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法。

背景技术

液相杂交捕获技术是根据碱基互补原则发展而来的，通过在溶液中目标DNA片段和已带有生物素标记的探针直接杂交，然后通过生物素亲和素的反应使目标DNA片段锚定在带有亲和素的磁珠上。磁珠由磁微粒与高纯度链霉亲和素共价结合而成，可用于捕获生物素标记的底物，生物素-链霉亲和素的相互作用很强，非特异性结合率很低，使得被捕获的底物可满足后续实验要求。通过清洗磁珠洗去非目标DNA，再通过洗脱磁珠获取目的区域DNA。

人类基因组中存在着大量的重复序列，重复序列往往具有很高的拷贝数，在基因组杂交实验中会与目的片段发生竞争性杂交，导致真正的目的序列杂交效率降低。人Cot-1DNA是胎盘DNA，长度主要为50至300bp，富含重复的DNA序列，比如Alu和Kpn家族成员。因此在传统杂交过程中，往往通过加入Human Cot1DNA作为封闭剂用于封闭基因组中重复序列以提高捕获效率。但是部分重要癌症相关基因的区域内同样存在重复序列，虽然这些区域是我们希望进行捕获的目的区域，但是在传统的杂交捕获技术中，为了达到整体性能的优化，往往需要“牺牲”这些重要区域内的重复序列，不针对这些区域进行探针的设计。也就是说，现有杂交捕获技术无法对目的基因区域中的高重复序列进行设计探针或者即便是设计探针，其捕获效率也不高。

发明内容

本发明旨在提供一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针及方法，以解决现有杂交捕获方法中无法对高重复区域进行探针设计和有效捕获的技术问题。

为了实现上述目的，根据本发明的一个方面，提供了一种对基因重复区域进行杂交捕获的探针。该探针是以目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置作为3’末端的具有检测标记的引物探针。

进一步地，引物探针的5’端具有Illumina P5接头序列。

进一步地，检测标记为在引物探针的5’端加入的生物素修饰。

进一步地，引物探针的长度为63bp～73bp，优选为68bp。

进一步地，引物探针能够匹配在目的基因重复区域旁侧保守区域或重复区域内特异位置的长度为5bp～20bp，优选为10bp。

进一步地，目的基因为ROS1基因，基因重复区域为31号内含子区域。

进一步地，对ROS1基因31号内含子区域进行杂交捕获的引物探针如下表1所示：

表1

进一步地，引物探针单独使用特异性捕获基因重复区域，或同常规多基因的捕获探针池混合使用。

根据本发明的另一方面，提供了一种对基因重复区域进行杂交捕获的方法。该方法采用上述任一种探针对基因重复区域进行杂交捕获。

进一步地，杂交捕获采用液相杂交捕获体系进行，在使用引物探针进行捕获过程中加入扩增酶。