[发明专利]一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记及其应用、获取方法

权利要求书

1.一种鉴定双季茭白早晚熟特性的分子标记，其特征在于包括分子标记UeS1、UeS2、UeS3、UeS4、UeS5、UeS6、UeS7和UeS8，所述分子标记UeS1的正向引物UeSNP1-F核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物UeSNP1-R核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述分子标记UeS2的正向引物UeSNP2-F核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物UeSNP2-R核苷酸序列如SEQID NO.4所示；所述分子标记UeS3的正向引物UeSNP3-F核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，反向引物UeSNP3-R核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；所述分子标记UeS4的正向引物UeSNP4-F核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，反向引物UeSNP4-R核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；所述分子标记UeS5的正向引物UeSNP5-F核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，反向引物UeSNP5-R核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；所述分子标记UeS6的正向引物UeSNP6-F核苷酸序列如SEQID NO.11所示，反向引物UeSNP6-R核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示；所述分子标记UeS7的正向引物UeSNP7-F核苷酸序列如SEQ ID NO.13所示，反向引物UeSNP7-R核苷酸序列如SEQID NO.14所示；所述分子标记UeS8的正向引物UeSNP8-F核苷酸序列如SEQ ID NO.15所示，反向引物UeSNP8-R核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示。

2.如权利要求1所述的分子标记在茭白育种中的应用。

3.如权利要求1所述的分子标记在茭白育种中鉴定双季茭白早晚熟特性中的应用。

4.如权利要求1所述的分子标记的获得方法，其特征在于包括以下步骤：

a、双季茭白早晚熟特性的鉴定：选取不同地区不同熟性的茭白品种并记录；

b、群体分析

1)分离培养茭白中的菰黑粉菌；

2)CTAB法提取菰黑粉菌基因组DNA；

3)将47个确定熟性双季茭白的菰黑粉菌基因组DNA进行基因组二代重测序；

4)扫描得到所有SNP；

5)筛选出在双季早熟茭白菰黑粉菌和双季晚熟茭白菰黑粉菌的差异SNP位点；

6)选取48个采集自不同地区的双季茭白分离菰黑粉菌对筛选得到的SNP位点进行验证；

c、使用其他具有早晚熟特性的双季品种鉴定筛选的SNP位点并获得图谱；共获得8对具有早晚熟筛选特性的分子标记UeS1、UeS2、UeS3、UeS4、UeS5、UeS6、UeS7和UeS8。

5.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤a中茭白早晚熟特性的鉴定具体为：从浙江省桐乡市、浙江省金华市、浙江省缙云县、浙江省余姚市、浙江省杭州市以及江苏省苏州市搜集不同品种的茭白并记录采收期和

茭重，对一些经典品种按品种审定时确定的熟性认定；采收时选取茭形完整、个头中等、茭叶无病害的茭白。

6.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤b的1)中分离培养茭白中的菰黑粉菌具体为：

a、将茭白茎部加无菌水磨碎；

b、涂布至含羧苄青霉素和卡那霉素的YEPS培养基上培养4-6d。

7.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤b的5)中筛选出在早熟茭白菰黑粉菌和晚熟茭白菰黑粉菌的差异SNP位点具体为：

a、将所有SNP数据标记为A、B、C三类，代表早熟、中熟、晚熟三个特性；

b、计算机自动识别A、B、C三类所有的SNP并归类；输出格式为Genotyping*simple-A/B/C.txt.；数据内容为SNP_site a/b,a代表具有该SNP的个数，b代表一类的总个数；

c、将数据复制至Excel工作表，使用筛选功能，选取只在A类中为1，C类中为0的SNP。

8.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤b的6)中选取48个采集自不同地区的茭白分离菰黑粉菌对筛选得到的SNP位点进行验证具体包括：

a、将48个采集自不同地区的茭白进行研磨分离；

b、提取全部菰黑粉菌基因组DNA；

c、针对获得的SNP数据设计AS-PCR引物；

d、选取典型早晚熟特性的茭白菰黑粉菌DNA进行AS-PCR验证，验证获得16个具有多态性的SNP位点；针对这16个SNP位点设计HRM检测扩增引物；

e、将48个茭白菰黑粉菌DNA用16对HRM引物扩增，PCR产物用于HRM检测；

f、用不同颜色的曲线标记早晚熟特性。