[发明专利]一种用于高通量测序检测基因突变的捕获探针及其应用有效
申请号: | 201811573666.0 | 申请日: | 2018-12-21 |
公开(公告)号: | CN109628558B | 公开(公告)日: | 2020-01-14 |
发明(设计)人: | 方楠;刘运超;李伟伟;王建伟;伍启熹;刘倩;刘珂弟;唐宇 | 申请(专利权)人: | 北京优迅医学检验实验室有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6827 | 分类号: | C12Q1/6827;C12N15/11;C40B50/06 |
代理公司: | 11002 北京路浩知识产权代理有限公司 | 代理人: | 王文君;陈征 |
地址: | 100089 北京市海淀区*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 单链探针 捕获探针 高通量测序 核苷酸序列 基因突变 反义链 正义链 测序数据 混合物 探针 捕获 检测 别针 应用 基因检测技术 有效深度 重复率 文库 覆盖 | ||
1.一种用于高通量测序检测基因突变的捕获探针,其特征在于,所述捕获探针为单链探针混合物,所述单链探针混合物包括从待测DNA的一端开始,分别针对待测DNA的正义链和反义链的核苷酸序列,依次设计的针对正义链的探针和针对反义链的探针;每两个相邻的单链探针中,一个为针对正义链的核苷酸序列设计的单链探针,另一个为针对反义链的核苷酸序列设计的单链探针;每两个相邻的单链探针所针对的待测DNA没有重叠;所述单链探针混合物能够覆盖全部待测DNA。
2.根据权利要求1所述的捕获探针,其特征在于,所述单链探针的长度为90~120nt;所述单链探针混合物中每个单链探针以相同的摩尔比例混合。
3.根据权利要求1或2所述的捕获探针,其特征在于,所述单链探针的长度为110~120nt。
4.权利要求1~3任一项所述的捕获探针在基因组测序文库构建或非疾病诊断目的的高通量测序检测基因突变中的应用。
5.一种基因突变测序文库的构建方法,其特征在于,将基因组DNA打断,采用权利要求1~3任一项所述的捕获探针构建测序文库。
6.根据权利要求5所述的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取基因组DNA,将其打断为小片段;
(2)对步骤(1)得到的小片段DNA进行文库制备;
(3)将步骤(2)得到的小片段DNA文库与权利要求1~3任一项所述的捕获探针进行杂交,捕获目的片段;
(4)对步骤(3)捕获的片段进行扩增,将扩增产物上机测序。
7.一种EGFR基因的特异性捕获探针,其特征在于,包括如SEQ ID NO.172~SEQ IDNO.228所示的单链探针。
8.一种检测EGFR基因突变的试剂盒,其特征在于,其包括权利要求7所述的捕获探针。
9.根据权利要求8所述的试剂盒,其特征在于,所述捕获探针由如SEQ ID NO.172~SEQID NO.228所示的单链探针等摩尔比例混合组成。
10.根据权利要求8或9所述的试剂盒,其特征在于,所述捕获探针的工作浓度为0.1pM~0.75pM。
11.权利要求7所述的捕获探针或权利要求8~10任一项所述的试剂盒在非疾病诊断目的的高通量测序检测EGFR基因突变或构建检测EGFR基因突变的测序文库中的应用。
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