[发明专利]一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法

说明书

本发明公开了一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法，包括如下步骤：步骤一：提取目标基因组DNA；步骤二：将步骤(1)所得基因组DNA进行定量；步骤三：根据步骤(2)DNA浓度测定结果，选取500ng DNA作为酶切起始量，使用EcoR1和Mse1进行组合酶切，酶切时间至少3个小时；步骤四：以步骤(3)所得DNA酶切产物进行后续建库，并上机测序。本发明的有益效果在于：本发明通过优化测序当中的测序起始量、酶切时间，接头的碱基平衡，就能够有效的增加文库的有效数据比例和高质量的数据的产出。

技术领域

本发明属于基因测序领域，具体涉及一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法。

背景技术

简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing,RRGS)顾名思义是对部分基因组进行序列测定。它是指利用生物信息学方法，设计标记开发方案，富集特异性长度片段，应用高通量测序技术获得海量标签序列来代表目标物种全基因组信息的测序方法。

简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing，RRGS)是指利用限制性内切酶打断基因组DNA，对特定片段进行高通量测序获得海量遗传多态性标签序列来充分代表目标物种全基因组信息的测序策略。

此方法实验步骤简单，成本低，而且可以不依赖参考基因组，就能获得全基因组范围内的遗传多态性标签，因而广泛应用于生态学，进化学和基因组学等领域，但其测序的数据准度精度一直是一个问题。

传统的简化基因组测序的技术路线如图1。

申请人通过多年的潜心研究发现：简化基因组测序起始量，酶切时间，接头中合适的碱基平衡能够有效的增加文库的有效数据比例和高质量的数据的产出。

发明内容

为了克服现有技术存在的上述缺陷，本发明的目的在于提供一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法。

为了实现本发明的目的，所采用的技术方案是：一种基于简化基因组测序的测序样品的处理方法，包括如下步骤：

步骤一：提取目标基因组DNA；

步骤二：将步骤(1)所得基因组DNA进行定量；

步骤三：根据步骤(2)DNA浓度测定结果，选取500ng DNA作为酶切起始量，使用EcoR1和Mse1进行组合酶切，酶切时间至少3个小时；

步骤四：以步骤(3)所得DNA酶切产物进行后续建库，并上机测序。

在本发明的一个优选实施例中，所述步骤一中，所述目标基因组DNA提取的方法为常规提取方法。

在本发明的一个优选实施例中，所述常规提取方法为利用各种市售试剂盒或其他常规技术提取目标基因组DNA。

在本发明的一个优选实施例中，所述目标基因组DNA包括动物基因组DNA、植物基因组DNA、微生物基因组DNA中的任意一种或多种。

在本发明的一个优选实施例中，所述目标基因组DNA包括具有参考基因组序列的基因组DNA和、或不具有参考基因组序列的基因组DNA。

在本发明的一个优选实施例中，所述步骤三当中的限制性内切酶购自NEB(NewEngland Biolabs)公司。

本发明的有益效果在于：

本发明通过优化测序当中的测序起始量、酶切时间，酶切组合能够有效的增加高质量测序数据的产出。

附图说明

图1为本发明的流程示意图。

具体实施方式