[发明专利]一种鉴定霸王的方法在审
申请号: | 201811608341.1 | 申请日: | 2018-12-26 |
公开(公告)号: | CN109576390A | 公开(公告)日: | 2019-04-05 |
发明(设计)人: | 沈奇;关潇;全占军;臧春鑫;赵志平;冯朝阳 | 申请(专利权)人: | 中国环境科学研究院 |
主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12Q1/6869 |
代理公司: | 中科专利商标代理有限责任公司 11021 | 代理人: | 单骁越 |
地址: | 100012 北*** | 国省代码: | 北京;11 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 样本 序列比对 测序 基因组总DNA 特异性引物 试剂盒 种鉴定 扩增 物种 | ||
1.一种鉴定样本是否属于霸王(Zygophyllum xanthoxylum)的方法,所述方法包括以下步骤:
(1)从所述样本中提取基因组总DNA;
(2)以步骤(1)中提取的DNA为模板,使用用于扩增ITS序列的特异性引物对进行PCR扩增;
(3)对PCR产物进行测序;
(4)将测序结果与一种或多种已知霸王物种的ITS序列进行序列比对;
(5)根据序列比对结果鉴定样本是否属于霸王。
2.根据权利要求1所述的方法,其中当序列比对结果显示测序结果与一种或多种已知霸王物种的ITS序列具有大于95%,优选大于96%,大于97%,更优选大于98%的同源率时,确定所述样本属于霸王。
3.根据权利要求1所述的方法,其中所述一种或多种已知霸王物种的ITS序列是位于霸王18S rDNA和26S rDNA之间的序列,其优选地选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ IDNO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11及其任意组合。
4.根据权利要求1所述的方法,其中所述引物对中正向引物和反向引物的序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。
5.霸王ITS序列作为用于鉴定霸王的方法中的对照的用途。
6.根据权利要求5所述的用途,其中所述ITS序列是位于霸王18S rDNA和26S rDNA之间的序列。
7.根据权利要求5所述的用途,其中所述霸王ITS序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11及其任意组合。
8.一种用于鉴定样本是否属于霸王的试剂盒,其包括用于PCR扩增植物样本ITS序列的试剂,以及指示将PCR扩增产物的测序结果与一种或多种已知霸王物种的ITS序列进行序列比对以判断所述样本是否属于霸王的使用说明,优选地,所述使用说明指示当序列比对结果显示测序结果与一种或多种已知霸王物种的ITS序列具有大于95%,优选大于96%,大于97%,更优选大于98%的同源率时,确定所述样本属于霸王。
9.根据权利要求8所述的试剂盒,其中所述一种或多种已知霸王物种的ITS序列选自:SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:4、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:6、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8、SEQID NO:9、SEQ ID NO:10、SEQ ID NO:11及其任意组合。
10.根据权利要求8所述的试剂盒,其中所述用于PCR扩增植物样本ITS序列的试剂包括用于扩增ITS序列的特异性引物对,所述引物对中正向引物和反向引物的序列分别优选如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。
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