[发明专利]基于高通量测序法筛查和诊断卵巢高级别浆液性癌的方法和装置

权利要求书

1.用于对卵巢高级别浆液性癌进行筛查、诊断或风险分级的一组染色体，该组染色体包含第2、3、5、7、8号染色体中的至少1、2、3、4或5个。

2.根据权利要求1所述的一组染色体，其为第3、5、8号染色体的组合或者第2、3、5、7、8号染色体的组合。

3.一种计算机可读介质，其上存储有指令，其中当所述指令被处理器执行时，使得计算机执行以下操作：

判断来自受试者(例如人)的样品的第2、3、5、7、8号染色体中至少1条是否存在染色体不平衡(例如染色体长臂拷贝数与短臂拷贝数的差异是否高于或等于阈值，再如染色体长臂覆盖度与短臂覆盖度的差异是否高于或等于阈值)；

例如，将来自受试者的样品的第2、3、5、7、8号染色体中至少1条的染色体结构信息(例如测定染色体不平衡、染色体长臂拷贝数与短臂拷贝数的差异或染色体长臂覆盖度与短臂覆盖度的差异所需的结构信息)与来自健康个体的相应染色体的染色体结构信息进行比较，以确定来自所述个体的样品中上述染色体是否存在染色体不平衡。

4.根据权利要求3所述的计算机可读介质，其中通过以下方式进行判断染色体不平衡：

将受试者(例如人)的全基因组数据序列(例如高通量测序技术获得的全基因组数据序列)比对到参考基因组(例如人的参考基因组Hg19)，并例如按照10～1000k/bin(优选200k/bin)，平均分成多个段(例如bin)；

分别计算第i号染色体长臂覆盖到的段(例如bin)的读出序列(reads)的平均数(cov_Chrip)和染色体短臂覆盖到的段(例如bin)的读出序列(reads)的平均数(cov_Chriq)；

根据下列公式，计算R值：

或

其中p代表长臂，q代表短臂，chr为染色体(chromosome)的缩写，i选自2、3、5、7和8。

5.根据权利要求4所述的计算机可读介质，其中基于R值，根据公式(2)计算第i号染色体的Z-score：

其中μR_Chri是健康人群所对应的R值的平均数，σR_Chri是健康人群所对应的R值的标准偏差；

任选地，选择Z-score的绝对值大于等于3的染色体，根据公式(3)，求CScore值：

6.根据权利要求3～5任一项所述的计算机可读介质，其中所述样品为外周血，优选外周静脉血，更优选外周静脉血中的游离DNA。

7.根据权利要求3～6任一项所述的计算机可读介质，其中，

当满足以下条件之一时，将认为受试者存在染色体不平衡：

-某一条染色体的Z-score绝对值≥3；或

-CScore>0；

当满足以下条件之一时，将认为受试者不存在染色体不平衡：

-所有染色体的Z-score绝对值<3；或

-CScore＝0。

8.一种计算设备，其包含：

根据权利要求3～7任一项所述的计算机可读介质；和

处理器。

9.一种系统，其包含：

测序装置，其用于接收来自试验样品的核酸以提供来自该样品的核酸序列信息(例如，通过高通量测序技术获得的全基因组数据序列)；以及

根据权利要求8所述的计算设备。

10.权利要求9的系统，其中所述测序装置为高通量测序仪。

11.检测第2、3、5、7、8号染色体中的至少1条的染色体不平衡(优选染色体长臂拷贝数与短臂拷贝数的差异，更优选染色体长臂覆盖度与短臂覆盖度的差异)的试剂在制备对卵巢高级别浆液性癌进行筛查、诊断或风险分级的诊断剂中的用途。

12.检测第2、3、5、7、8号染色体中的至少1条的染色体不平衡(优选染色体长臂拷贝数与短臂拷贝数的差异，更优选染色体长臂覆盖度与短臂覆盖度的差异)的装置在制备对卵巢高级别浆液性癌进行筛查、诊断或风险分级的设备中的用途。