[发明专利]利用RAD-seq对胚胎进行PGS分析的方法

说明书

本发明涉及一种利用RAD‑seq对胚胎进行PGS分析的方法，利用限制性酶切位点相关DNA测序的方法对囊胚的滋养层细胞进行染色体非整倍体分析，包括(1)获取囊胚活检细胞；(2)构建细胞的RAD‑seq测序文库；(3)测序。本发明采用“试管婴儿”操作中的囊胚的滋养外胚层为原料，对胚胎的染色体非整倍性状况进行分析，为在辅助生殖中选择“正确”的胚胎提供了新的方法。

技术领域

本发明涉及生物医学和分子细胞生物学领域，具体涉及一种利用限制性酶切位点相关DNA测序的方法，其利用该分析技术对囊胚滋养外胚层解析胚胎染色体状态。

背景技术

简化基因组测序(Reduced-representation sequencing)是一类利用不同方法得到目的基因组的部分区域，并对这些区域进行测序，从而反映基因组一部分序列结构信息的一种新兴的测序技术，其与全基因组测序相比具有低成本优势(参见文献石璇，王茹媛，唐君等。利用简化基因组技术分析甘薯种间单核苷酸多态性.作物学报,2016,42(5):641-647)。紧随技术的发展，简化基因组测序产生了多种不同的方法，限制性酶切位点相关的DNA测序(Restriction-site associated DNA Sequencing,RAD-seq)，复杂度降低的多态序列测序(Complexity reduction of polymorphic sequencing，CRoPS)，基因分型测序(Genotyping by sequencing，GBS)，其中RAD-seq为最具有代表性的方法(参见文献DaveyJL,Blaxter MW.RADSeq:next-generation population genetics.Brief Funct Genomic,2010,9(5-6):416–423；Altshuler D,Pollara VJ,Cowles CR,van Etten WJ,Baldwin J,Linton L,Lander ES.An SNP map ofthe human genome generated by reducedrepresentation shotgun sequencing.Nature,2000,407(6803):513–516；Elshire RJ,Glaubitz JC,Sun Q,Poland JA,Kawamoto K,Buckler ES,Mitchell SE.A robust,simplegenotyping by-sequencing(GBS)approach for high diversity species.PloS ONE,2011,6(5):e19379)。

目前，RAD-seq已成功应用于SNP标记的开发、动植物重要经济性状的QTL定位、超高密度遗传图谱的构建、群体遗传结构、系统演化分析和辅助全基因组de novo测序等研究领域(参见文献Emerson KJ,Merz CR,Catchen JM,Hohenlohe PA,Cresko WA,BradshawWE,Holzapfel CM.Resolving postglacial phylogeography using high-throughputsequencing.Proc Natl Acad Sci USA,2010,107(37):16196–16200)。

胚胎植入前非整倍体筛查(Preimplant Genetic Screening,PGS)是辅助生殖中第三代试管婴儿技术的核心技术。通过PGS分析，可以将胚胎中携带有各种非整倍体变异(CVN)的胚胎筛选掉，选择核型正常的胚胎进行移植，大大提高辅助生殖的成功率。