[发明专利]一种单基因隐性遗传疾病候选致病基因的筛选装置

权利要求书

1.一种单基因隐性遗传疾病候选致病基因的筛选装置，其特征在于，所述装置包括：

家系信息收集模块：用于收集待分析家系中各成员的患病情况；.

变异信息获取模块：用于获得待分析家系中各成员的外显子变异位点信息 ；

变异信息比对模块：用于对通过变异信息获取模块获取的待分析家系各成员的外显子变异位点信息进行比对取并集，并判断家系中各成员的基因型；

遗传模式判定模块：用于判定变异位点的遗传模式是否符合孟德尔隐性遗传模式；

候选位点注释模块：利用数据库确定符合孟德尔隐性遗传模式变异位点所在的基因，以及在所述基因上的具体位置和所述变异对蛋白编码的影响；

结果筛选模块，用于对筛选获得的符合孟德尔隐性遗传模式的变异位点作进一步的筛选，由此筛选后的变异位点作为最后的候选的变异位点，包含这些位点的基因作为目标候选基因；

目标候选基因功能注释模块：用于利用数据库对目标候选基因的功能进行注释；

功能富集分析模块：用于利用Gene Ontology数据库对候选基因进行功能富集分析，以分析这些候选基因功能是否相似，是否在与疾病相关的功能通路中富集；

通路富集分析模块：用于利用Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes数据库对候选基因进行通路富集分析，判断这些候选基因是否富集在与疾病相关的代谢通路里；以及

蛋白质互作分析模块：使用Cytoscape软件构建可视化的分子交互作用网络分析候选基因编码的蛋白之间的互作关系；

其中，所述变异位点信息包括：变异所在的染色体、变异的起始位点、变异的终止位点、变异在参考基因组上的基因型、变异后的碱基类型；

所述比对取并集是将家系中各样本的变异位点根据染色体号、起始位置、终止位置、参考基因组碱基型、突变碱基型几个指标取交集得到一个总的变异位点集合M1；

所述结果筛选模块包括以下几个步骤：

步骤A：保留外显子区和剪切位点区的变异；

步骤B：过滤千人基因组数据库中人群中频率大于0.01的变异位点，删除个体间多样性位点，得到可能致病的罕见变异，保留千人基因组数据库中频率低于0.01的变异位点；

步骤C：删除同义变异，获得对基因表达有影响的变异；

所述变异信息获取模块通过全基因组重测序或者全外显子组重测序获得待分析家系各成员的变异位点信息。

2.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，所述家系信息比对模块还包括根据家系中各成员的亲缘关系和患病情况绘制家系遗传图。

3.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，所述候选位点注释模块中确定符合孟德尔隐性遗传模式变异位点所在的基因使用的数据库为NCBI数据库和UCSC数据库。

4.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，所述候选位点注释模块还包括：

利用COSMIC、OMIM及HGMD数据库进行疾病相关的注释；

利用SIFT、POLYPHEN、CADD及FATHMM-MKL数据库进行致病性预测的注释：

利用phyloP20way_mammalian、phastConsElements46way及gerp++elem数据库进行保守性预测。