[发明专利]一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测系统及方法

权利要求书

1.一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测系统，其特征在于，包括微卫星检测位点选择模块和微卫星不稳定性检测模块；

其中，所述微卫星检测位点选择模块用于根据对某种肿瘤样本的测序数据，选择有效检测位点，计算有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准；微卫星不稳定性检测模块用于根据微卫星检测位点选择模块得到的有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准，对检测样本进行微卫星不稳定性检测；

其中，所述微卫星检测位点选择模块包括单个微卫星位点基因型提取模块、去除检测率不满足要求的位点模块、去除人群多样性较高的位点模块以及去除区分度小的位点的模块；

其中，所述单个微卫星位点基因型提取模块用于对测序数据进行预处理，得到比对数据，然后对比对数据进行扫描，获取每个微卫星位点的基因型，每个微卫星位点的基因型具体包括微卫星位点所在参考基因组的位置，重复单元，在参考基因组上的重复次数，测序数据中检测到位置、重复单元、重复次数，对应的读段数和其他可选信息；

去除检测率不满足要求的位点模块用于对所有的训练样本进行微卫星位点基因型提取，得到所有训练样本的基因型；然后过滤不满足检测率要求的微卫星位点；

去除人群多样性较高的位点模块用于对于某个样本的某个微卫星位点，用微卫星重复单元平均重复次数代替该样本中该微卫星位点的基因型；然后对于每个微卫星位点，计算样本微卫星基因型的均值μ与标准差σ；由均值与标准差构成的统计量对微卫星位点的多样性进行评估；根据多样性进行评估结果，并利用多样性筛选微卫星位点；

去除区分度小的位点模块用于计算在微卫星不稳定性阳性和阴性样本中微卫星位点稳定性差异，然后筛选得到有效检测位点。

2.一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测方法，其特征在于，包括微卫星不稳定性检测方法主要分为微卫星检测位点选择和微卫星不稳定性检测两个过程，具体如下：

步骤一、微卫星检测位点选择：根据对某种肿瘤样本的测序数据，选择有效检测位点，计算有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准；其中，选择有效检测位点的具体过程如下：

1)单个微卫星位点基因型提取：首先对测序数据进行预处理，得到比对数据，然后对比对数据进行扫描，获取每个微卫星位点的基因型，每个微卫星位点的基因型具体包括微卫星位点所在参考基因组的位置，重复单元，在参考基因组上的重复次数，测序数据中检测到位置、重复单元、重复次数，对应的读段数和其他可选信息；

2)去除检测率不满足要求的位点：对所有的训练样本进行微卫星位点基因型提取，得到所有训练样本的基因型；然后过滤不满足检测率要求的微卫星位点；

3)对于某个样本的某个微卫星位点，用微卫星重复单元平均重复次数代替该样本中该微卫星位点的基因型；然后对于每个微卫星位点，计算样本微卫星基因型的均值μ与标准差σ；由均值与标准差构成的统计量对微卫星位点的多样性进行评估；根据多样性进行评估结果，并利用多样性筛选微卫星位点；

4)计算在微卫星不稳定性阳性和阴性样本中微卫星位点稳定性差异，然后筛选得到有效检测位点；

步骤二、微卫星不稳定性检测：根据步骤一得到的有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准，对检测样本进行微卫星不稳定性检测。

3.根据权利要求2所述的一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测方法，其特征在于，步骤2)中，过滤检测率小于50％的微卫星位点；

步骤3)中，利用多样性筛选微卫星位点时去除σ/μ1的微卫星位点。