[发明专利]应用于青鱼亲缘关系鉴定的双重PCR方法有效

专利信息
申请号: 201811652769.6 申请日: 2018-12-29
公开(公告)号: CN109468391B 公开(公告)日: 2021-05-25
发明(设计)人: 刘明典;宋江腾;汪登强;段辛斌;刘绍平;陈大庆 申请(专利权)人: 中国水产科学研究院长江水产研究所
主分类号: C12Q1/6888 分类号: C12Q1/6888;C12N15/11
代理公司: 武汉宇晨专利事务所 42001 代理人: 江丽丽;王敏锋
地址: 430223 湖北省武*** 国省代码: 湖北;42
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摘要:
搜索关键词: 应用于 青鱼 亲缘 关系 鉴定 双重 pcr 方法
【说明书】:

发明提供了一种应用于青鱼亲缘关系鉴定的双重PCR方法,包括如下步骤:(1)提取青鱼样本的基因组DNA;(2)利用5组微卫星引物进行双重PCR;(3)PCR扩增产物在聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;(4)统计PCR扩增产物的基因型,分析个体之间的亲缘关系。所述的5组微卫星引物均为多态性高、条带清晰的位点,可以实现对青鱼的遗传多样性检测、个体识别,还可以鉴定个体之间的亲缘关系的远近,避免青鱼个体之间近亲繁殖,所用时间和成本均比传统的PCR反应减少了一半。经试验验证,采用本方法对30尾青鱼进行亲缘关系鉴定,可以准确鉴定出每个样本之间的亲缘关系,根据鉴定结果可以计算出样本之间遗传距离的远近。

技术领域

本发明属于动物分子遗传学领域,具体涉及一种应用于青鱼亲缘关系鉴定的双重PCR方法。

背景技术

青鱼(拉丁学名:Mylopharyngodon piceus;英文名:Black carp),硬骨鱼纲,辐鳍亚纲,鲤形目,鲤科,雅罗鱼亚科,青鱼属。青鱼别称黑鲩、乌鲩、螺蛳鲩,在安徽俗称“乌混”、“黑混”或“螺蛳混”,因其体黑、喜食螺蛳而得名。

体色青黑,鳍灰黑色。头宽平,口端位,无须,下咽齿1行,呈臼齿状。栖息中下层,主食螺蛳、蚌、虾和水生昆虫。分布于中国各大水系,主要分布于我国长江以南的平原地区,长江以北较稀少。青鱼是长江中、下游和沿江湖泊里的重要渔业资源和各湖泊、池塘中的主要养殖对象,与草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)并称“四大家鱼”。4-5龄性成熟,在河流上游产卵,可人工繁殖。青鱼个体大,生长迅速,最大个体达70kg,体长达1m余。在中国境内,2005年在南京六合区金牛湖捕获的,长1.86米、重114公斤,被制成最大的青鱼标本,经鳞片鉴定约四十岁。

微卫星DNA,又被称作短串连重复(Short Tandem Repeats,STRs)或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSRs),每单元长度在1~6bp之间,根据重复单元的构成与分布,微卫星DNA序列被分为3种类型:单一型(pure),复合型(compound)和间断型(interrupted)。微卫星标记多重PCR是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物,同时扩增出多个核酸片段的PCR反应。多重PCR具有高效性、系统性、经济简便性等优点。有关青鱼的微卫星标记多重PCR国内外未见报道。本发明提供了一种利用青鱼微卫星双重PCR体系鉴定个体之间的亲缘关系的方法,实现了对青鱼个体之间的亲缘关系的测量进而确定个体之间的亲缘关系,为青鱼的遗传管理、人工繁殖配种制定、遗传背景分析提供了坚实的技术支持。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于青鱼亲缘关系鉴定的双重PCR引物组合及其方法,5组微卫星引物均为多态性高、条带清晰的位点,可以快速鉴定个体之间的亲缘关系,避免青鱼之间近亲繁殖,省时省力,可广泛应用于青鱼种质鉴定、增殖放流评估等。

为了实现上述目的,本发明采用以下技术方案:

用于青鱼亲缘关系鉴定的双重PCR引物组合,包括5组微卫星引物,引物序列如下:

用于青鱼亲缘关系鉴定的方法,包括以下步骤:

(1)提取青鱼样本的基因组DNA;

(2)利用上述引物组合进行双重PCR;

(3)PCR扩增产物在聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离;

(4)统计PCR扩增产物的基因型,分析个体之间的亲缘关系。

优选地,各组PCR的退火温度为60℃。

与现有技术相比,本发明具有以下的优点:

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