[发明专利]使用核酸片段的诊断应用

权利要求书

1.一种分析包括游离核酸分子混合物的生物样品以确定所述生物样品所获自的个体中的病变等级的方法，所述混合物包括来自所述个体的核酸分子和可能的来自病毒的核酸分子，所述方法包括：

对于所述生物样品中的多个核酸分子中的每一个：

测量所述核酸分子的尺寸；

确定所述核酸分子来自参考基因组，所述参考基因组对应于所述病毒；

确定来自所述参考基因组的多个核酸分子的尺寸分布的统计值；和

通过针对截断值处理所述统计值来确定所述个体中的病变等级。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述统计值是所述尺寸分布的平均值、众数、中值或平均数。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述统计值是所述生物样品中来自所述参考基因组的低于尺寸阈值的多个核酸分子的百分比。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述尺寸阈值是150bp。

5.根据权利要求3所述的方法，其中当统计值低于所述截断值时，确定所述个体对所述病变呈阳性。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述统计值包括以下的比率：

所述生物样品中来自所述参考基因组的、在第一尺寸范围内的多个核酸分子的第一量；和

所述生物样品中来自所述参考基因组的、在与所述第一尺寸范围不同的第二尺寸范围内的多个核酸分子的第二量。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述统计值包括以下的比率：

与病毒的参考基因组对齐的、具有给定范围内的尺寸的核酸分子的序列读段的第一比例；和

与人类参考基因组对齐的、具有给定范围内的尺寸的核酸分子的序列读段的第二比例。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述截断值是约7、约8、约9或约10。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述给定范围是约80到约110个碱基对、约50到约75个碱基对、约60到约90个碱基对、约90到约120个碱基对、约120到约150个碱基对或约150到约180个碱基对。

10.根据权利要求7所述的方法，其中所述统计值是所述比率的倒数。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述截断值是约0.11、0.12、0.13或0.14。

12.根据权利要求1所述的方法，其中测量核酸片段的尺寸并且确定所述核酸分子来自参考基因组包括：

接收包括所述核酸片段的两端的一个或多个序列读段，从而由所述游离核酸分子混合物的测序获得多个序列读段；

将所述一个或多个序列读段与所述参考基因组进行比对以获得一个或多个对齐的位置；和

使用所述一个或多个对齐的位置确定所述核酸片段的尺寸。

13.根据权利要求1所述的方法，其中确定病变等级的阳性预测值(PPV)是至少6％、7％或8％，其中确定病变等级的灵敏度是至少95％、96％或97％，和/或其中确定病变等级的特异性是至少95％、96％、97％或98％。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述尺寸是长度、分子量或与所述长度成比例的测量参数。

15.一种针对病变筛检包括游离核酸分子混合物的生物样品的方法，所述生物样品是从无所述病变的症状的个体获得，所述混合物包括来自所述个体的核酸分子和可能的来自病毒的核酸分子，所述方法包括：

接收由所述游离核酸分子混合物的测序获得的多个序列读段；

确定与参考基因组对齐的多个序列读段的量，所述参考基因组对应于所述病毒；和

将与所述参考基因组对齐的序列读段的量与截断值进行比较，从而针对所述病变进行筛检。