[发明专利]生物可获得的预测工具

权利要求书

1.一种用于预测在宿主生物中产生靶分子的可行性的计算机实施的方法，所述方法包括：

使用至少一个处理器获得指定用于所述宿主生物的开始代谢物的开始代谢物集；

使用至少一个处理器获得指定反应的开始反应集；

使用至少一个处理器将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于经筛选反应集中；

在由至少一个处理器执行的一或多个处理步骤中的每一处理步骤中，依照所述经筛选反应集的所述一或多个反应处理表示所述开始代谢物及在先前处理步骤中生成的代谢物的数据以生成表示一或多个可行靶分子的数据；及

使用至少一个处理器将表示所述一或多个可行靶分子的数据提供为输出。

2.根据权利要求1所述的方法，其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中，所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。

3.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的在至少一个数据库中指示为通过一或多个对应催化剂催化的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中，所述一或多个对应催化剂本身在至少一个数据库中指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述一或多个反应。

4.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中将一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过一或多个对应催化剂催化一或多个反应包含于所述经筛选反应集中，所述一或多个对应催化剂本身指示为有可能可用于工程设计到所述宿主生物中或有可能可用于经由从所述宿主生物在其中生长的生长培养基的摄取引入到所述宿主生物中。

5.根据权利要求2到4中任一权利要求所述的方法，其中每一对应催化剂是从由以下各者组成的群组选出：酶及酶纳米颗粒共轭。

6.根据权利要求2到5中任一权利要求所述的方法，其中每一对应催化剂是酶，其中所述酶至少部分基于所述酶的氨基酸序列或所述酶的DNA序列编码的可用性指示为有可能可用于在所述宿主生物中催化所述反应。

7.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述开始反应集中的一或多个反应指示为通过一或多个对应孤儿酶催化，所述方法进一步包括：

生物勘探所述一或多个孤儿酶以预测一或多个对应氨基酸序列；及

将通过所述一或多个对应经生物勘探孤儿酶催化的所述一或多个反应包含于所述经筛选反应集中。

8.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其进一步包括确定关于催化剂是否可用于催化对应反应的置信度，其中所述置信度是至少一第一置信度或高于所述第一置信度的第二置信度，

其中将来自所述开始反应集的一或多个反应包含于所述经筛选反应集中包括将来自所述开始反应集的指示为通过本身确定为在所述第二置信度下可用于催化一或多个第二反应的一或多个对应催化剂催化的所述一或多个第二反应包含于所述经筛选反应集中。

9.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中处理进一步包括：在于特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的数据之后且在下一处理步骤之前，从所述经筛选反应集移除与在所述特定处理步骤中生成表示一或多个可行靶分子的所述数据相关联的任何反应。

10.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述开始代谢物集指定核心代谢物，所述核心代谢物包含如由未经工程设计宿主在指定条件下产生的代谢物。

11.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其中所述宿主尚未经受基因组修饰。

12.根据前述权利要求中任一权利要求所述的方法，其进一步包括生成导向可行靶分子的一或多个反应途径的记录。