[发明专利]对核酸分子进行测序的方法、机器可读介质和计算机系统

权利要求书

1.一种对来自样本的核酸分子进行测序的方法，该方法包括以下步骤：

(a)向所述样本中的DNA片段应用衔接子，以获得DNA-衔接子产物，

其中，各衔接子包括非随机独特分子索引，并且

其中，所述衔接子的非随机独特分子索引具有至少两个不同的分子长度，并且形成可变长度的非随机独特分子索引即vNRUMI的集合；

(b)扩增所述DNA-衔接子产物，以获得多个扩增的多核苷酸；

(c)对所述多个扩增的多核苷酸进行测序，从而获得与所述vNRUMI的集合关联的多个读段；

(d)在所述多个读段当中识别与相同vNRUMI关联的读段，识别与所述相同vNRUMI关联的读段包括：对于所述多个读段中的各读段，获得关于所述vNRUMI的集合的比对分数，各比对分数表示读段的子序列与vNRUMI之间的相似性，其中，该子序列处于读段的、源于所述vNRUMI的核苷酸可能位于的区域中；对于所述多个读段中的各读段，基于所述比对分数从所述vNRUMI的集合选择至少一个vNRUMI；以及将所述多个读段中的各读段与对于该读段选择的所述至少一个vNRUMI关联；以及

(e)使用与该相同vNRUMI关联的读段来确定所述样本中的DNA片段序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述比对分数基于所述读段的子序列与所述vNRUMI之间的核苷酸的匹配和核苷酸的编辑。

3.根据权利要求2所述的方法，其中，所述核苷酸的编辑包括：核苷酸的替代、添加和缺失。

4.根据权利要求2所述的方法，其中，各比对分数惩罚序列的起始处的错配，但不惩罚该序列的末端处的错配。

5.根据权利要求4所述的方法，其中，获得读段与vNRUMI之间的比对分数包括：

(a)计算所述vNRUMI与所述读段的子序列的所有可能前缀序列中的各可能前缀序列之间的比对分数；

(b)计算所述读段的子序列与所述vNRUMI的所有可能前缀序列中的各可能前缀序列之间的比对分数；以及

(c)获得在步骤(a)和步骤(b)中计算出的比对分数当中的最大比对分数，作为所述读段与所述vNRUMI之间的比对分数。

6.根据权利要求1所述的方法，其中，所述子序列的长度等于所述vNRUMI的集合中的最长vNRUMI的长度。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，从所述vNRUMI的集合选择所述至少一个vNRUMI包括：选择在所述vNRUMI的集合当中具有最高比对分数的vNRUMI。

8.根据权利要求1所述的方法，其中，所述至少一个vNRUMI包括两个或更多个vNRUMI。

9.根据权利要求8所述的方法，还包括以下步骤：选择所述两个或更多个vNRUMI中的一个，作为步骤(d)和步骤(e)的所述相同vNRUMI。

10.根据权利要求1所述的方法，其中，在步骤(a)中应用的衔接子通过以下方式来获得：

(i)提供具有至少两个不同分子长度的寡核苷酸序列的集合；

(ii)从所述寡核苷酸序列的集合选择寡核苷酸序列的子集，所述寡核苷酸序列的子集中的寡核苷酸序列之间的所有编辑距离满足阈值，所述寡核苷酸序列的子集形成所述vNRUMI的集合；以及

(iii)合成所述衔接子，各衔接子包括双链杂交区域、单链5’臂、单链3’臂以及所述vNRUMI的集合的至少一个vNRUMI。

11.根据权利要求10所述的方法，其中，所述阈值是3。

12.根据权利要求1所述的方法，其中，所述vNRUMI的集合包括：6个核苷酸的Vnrumi，和7个核苷酸的vNRUMI。